绘制基因矩阵

Question

我有一个 .csv 文件，其中包含基因计数和许多样本（在下面进行了简化）。我希望能够按样本绘制总基因计数图。文件格式如下：

       Sample
Gene    1        2
gene1   272.43    911.83
gene2   212.29    151.55
gene3   39.41      22.17

知道怎么做吗？

Answer 1

不确定您要的是什么，但也许这就是您的想法：

library('ggplot2')
Sample <- melt(data.frame(Gene=c('gene1', 'gene2', 'gene3'), sample1=c(272.43,212.29,39.41), sample2=c(911.83,151.55,22.17)))
p <- ggplot(data=Sample, aes(x=variable, y=value)) + geom_line(aes(colour=Gene, group=Gene))
p

给你这个：

绘制基因矩阵

Plot a gene matrix

plot

r

bioinformatics

matrix