如何创建仅包含整数的 table

Question

我有一个 table 样本，其中包含分类法 [chr] 和 presence/absebce 数据 [num]。我从 .tsv 文件导入它。它是具有 x 个观测值和 y 个变量的 table。我必须将它转换为 table，仅以整数作为条目。

我尝试了 lapply(data,as.integer)，它适用于具有 presence/absence 数据的列，但在分类列中，我的数据消失了，我有 NA 而不是物种。更重要的是，我不再有 table，而是一个包含 y 个变量的列表。

还有其他方法吗？

taxonomy	site1	site2	site3	site4
species1	0	1	0	0
species2	1	0	0	0
species3	0	1	1	1

在 lapply(data,as.integer) 之后看起来像这样：

taxonomy	site1	site2	site3	site4
NA	0	1	0	0
NA	1	0	0	0
NA	0	1	1	1

Answer 1

使用dplyr，您可以...

library(dplyr)

# everything except the first column
mtcars %>%
  mutate(across(-1, as.integer))

# everything except "taxonomy"
mtcars %>%
  mutate(across(-taxonomy, as.integer))

# everything that starts with "site"
data %>%
  mutate(across(starts_with("site"), as.integer))

我首先质疑您的数据中有什么内容可以将其读取为字符。我的猜测是有一些“NA”字符。如果您使用 read.table()，您可能需要调整参数 na.strings = "NA" 以首先将其作为整数读入。

Answer 2

如果我们想使用 base R，我们可以使用 lapply 并将输出分配给数据的一个子集：

data[-1]<-lapply(data[-1], as.integer)
data

Answer 3

我想我现在知道问题出在哪里了 - 我需要在我的 table.

中使用分类名称作为标签制作第一列

使用 read.csv('data.csv', header = TRUE, row.names = 1) 读取数据实际上有所帮助。

如何创建仅包含整数的 table

How to create a table with only integers

r

dplyr

tidyr