FastBaps 产生与示例相同的输出

Question

我已经从https://github.com/gtonkinhill/fastbaps

下载了遗传聚类代码FastBaps

我非常严格地遵循了自述文件“介绍”部分中本网站上的说明，但生成的第一个图形与 github 上发布的图形相同。我以为我需要做的就是用我自己的 fasta 文件换掉，我用“ny_ct_2.fa”

this is a screenshot of what I wrote

我附上了我在 RStudio 中编写的代码的照片，如果有人能告诉我如何修复此错误，我将不胜感激。谢谢

Answer 1

您导入了与示例相同的文件。

fasta.file.name <- system.file("extdata", "seqs.fa", package = "fastbaps")
# etc...

要导入您的文件，请执行以下操作：

fasta.file.name <- "/Users/schuylersloman/Documents/CODE/BIO_LAB/SENIOR_YEAR/ny_ct_2.fa"
sparse.data <- import_fasta_sparse_nt(fasta.file.name)
# etc...

FastBaps 产生与示例相同的输出

FastBaps producing same output as example

r

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