ggplot2：geom_bar 组，position_dodge 和填充

Question

我正在尝试生成一个条形图，使 x 轴按患者划分，每个患者都有多个样本。因此，例如（使用 mtcars 数据作为数据外观的模板）：

library("ggplot2")
ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), group = factor(gear))) +
   geom_bar(position = position_dodge(width = 0.8), binwidth = 25) +
   xlab("Patient") +
   ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

这会产生这样的结果：

每个条形图代表每个患者的一个样本。

我想通过使用颜色填充条形图（例如，每个患者样本中不同类型的突变）来添加有关每个患者样本的附加信息。我在想我可以像这样指定填充参数：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), group = factor(gear), fill = factor(vs))) +
   geom_bar(position = position_dodge(width = 0.8), binwidth = 25) +
   xlab("Patient") +
   ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

但这不会为每个患者样本条形图生成 "stacked barplots"。我假设这是因为 position_dodge() 已设置。无论如何要解决这个问题？基本上，我想要的是：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), fill = factor(vs))) +
   geom_bar() +
   xlab("Patient") +
   ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

但是在我列出的第一个图中可以使用这些颜色。这对 ggplot2 可行吗？

Answer 1

如果我正确理解你的问题，你想将 aes() 传递到你的 geom_bar 层。这将允许您通过填充美学。然后，您可以将条形放置为 "dodge" 或 "fill"，具体取决于您希望如何显示数据。

这里列出了一个简短的例子：

   ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), fill = factor(vs))) +
      geom_bar(aes(fill = factor(vs)), position = "dodge", binwidth = 25) +
      xlab("Patient") +
      ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

结果图：http://imgur.com/ApUJ4p2（抱歉 S/O 还不允许我 post 图片）

希望对您有所帮助！

Answer 2

我认为构面最接近您要寻找的内容：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(gear), fill = factor(vs))) +
    geom_bar(position = position_dodge(width = 0.8), binwidth = 25) +
    xlab("Patient") +
    ylab("Number of Mutations per Patient Sample") +
    facet_wrap(~cyl)

我在 ggplot2 的问题跟踪器中没有找到任何相关内容。

Answer 3

我想，我在这个 post 中的回答将帮助您为每个患者构建包含多个堆叠垂直条的图表 ...

Layered axes in ggplot?

Answer 4

我已经通过按我喜欢的顺序将多个 geom_cols 层叠在一起来绕过这个问题几次。例如，代码

    ggplot(data, aes(x=cert, y=pct, fill=Party, group=Treatment, shape=Treatment)) +
      geom_col(aes(x=cert, y=1), position=position_dodge(width=.9), fill="gray90") +
      geom_col(position=position_dodge(width=.9)) +
      scale_fill_manual(values=c("gray90", "gray60"))

允许我在没有刻面的情况下生成您正在寻找的功能。请注意我是如何将背景图层的 y 值设置为 1 的。要添加更多图层，您只需对变量求和即可。

情节图片：

ggplot2：geom_bar 组，position_dodge 和填充

ggplot2: geom_bar with group, position_dodge and fill

r

ggplot2

geom-bar