将邻接矩阵转换为 csv 文件

Question

我想使用 python（或可能是 R）将 ARACNE 的邻接矩阵输出转换为 csv 文件。

adj 文件设置为右侧显示一个基因及其与其他基因的每一种相互作用。例如：

A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3

所以在上面，A 和 B 相互交互，交互的值为 0.4。 A和C相互影响，取值为0.3等。

我想更改布局，所以我得到...

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3

基本上我想要一个包含所有交互节点和相应值的列表，以便我可以将文件上传到 Cytoscape 并绘制网络。

Answer 1

使用 csv 模块的简单方法 -

import csv
with open('<inputfile>','r') as f , open('<outputfile>','w') as of:
    reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
    writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
    for lines in reader:
            key = lines.pop(0)
            for i in range(0,len(lines),2):
                    writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])

Example/Demo -

我的a.csv-

A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3

代码-

>>> import csv
>>> with open('a.csv','r') as f , open('b.csv','w') as of:
...     reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
...     writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
...     for lines in reader:
...             key = lines.pop(0)
...             for i in range(0,len(lines),2):
...                     writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])

输出在b.csv-

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3

将邻接矩阵转换为 csv 文件

Convert adjacency matrix to a csv file

python

csv

adjacency-matrix

cytoscape