更改 R 中热图颜色键上的图例

Question

我使用 HeatMaps.2 在 R 中创建了热图。除了我图中的颜色键外，一切都很好。

我正在绘制“control”和“case”条件下基因的表达值。在最终的热图中，所有上调基因在“case”条件下都有“Red”，下调基因在“case”条件下有“Green”，这是完美的.但是看看颜色键，红色显示低值，绿色显示高值。

在颜色键的图例中，取值范围从20-100，颜色从'red'过渡到'green'。我不知道值是如何计算的，因为我的数据只有来自 2.0 - 13.0 的值。这是我的代码的样子：

 my_palette <- colorRampPalette(c("red", "green"), (n=100))

 heatmap.2(mat_data, Rowv=F, Colv=F, trace="none", dendrogram="none",     density.info="none", key=TRUE,col=my_palette,  
      notecol="black",cexRow=0.45, cexCol=0.75,
      offsetCol=0.5, symm=F,symkey=F, scale="none")

谁能告诉我这些值是如何精确计算的，我如何反转这些值以显示“red”高值和“green”低值？

Answer 1

我喜欢用ggplot。

# Package
require(ggplot)

# Sample data
mat_data = data.frame(x = rep(1:3,3), y = rep(1:3, each = 3), value = 1:9);

# Plot using ggplot
p <- ggplot(data = mat_data) +                        # Set data
  geom_tile(aes(x = x, y = y, fill = value)) +        # Define variables to plot
  scale_fill_gradient(low = "red", high = "green")    # Set colour scheme

# Display plot
p

有关更详细的示例，请参阅 here。

示例输出：

更改 R 中热图颜色键上的图例

Change the legend on the color key of Heat Map in R

r

heatmap