Illumina HiSeq/MiSeq 配对末端读长是什么样的？
What do Illumina HiSeq/MiSeq paired end reads look like?
我的理解是来自 Illumina HiSeq/MiSeq 平台的配对末端读取看起来像这样：
R1:
AAAAAACCCCCC
R2:
GGGGGGTTTTTT
R2 中发现的读数是 R1 中发现的读数的反向补充。然而，对于我的测序数据，情况似乎并非如此。如果有帮助，我从下面运行的一个 MiSeq 中得到一个读取对。
R1:
@M01814:86:000000000-A6MU9:1:1101:15397:1339 1:N:0:2
TACTCGCACCTATCCGGCACAGCAACACCATCTGGGGCTGAATCGCAATAGCATCTCTCACTTCCTCCATATCAGATTGCTCAAGGCAAGCACTACGCTGCAGTGCCCTCCACTCCCAATTCCCTGATGCTGGTCGTAACTTGCCACACCA
+
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R2:
@M01814:86:000000000-A6MU9:1:1101:15397:1339 2:N:0:2
TAAGGGGCCTAGAACAGGCACCATACATTCAATTGGCTGTGGCAAGTAACAACCAGCATCAGGGAATGTGGAGTGGAGGGCACTGCAGCGAATTGCTTGCCTTGAACAATCTTATATGGGGGAAGTAGACGAACCAATGTGGAGTCAGCCC
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简短回答：通常 R1 和 R2 不是彼此的反向互补。
更长的答案：
reverse reads是以反向方式排序的，但是reverse reads的内容不一定是forward reads的反向补码。
大多数情况下，您想要测序的 DNA 片段比 MiSeq 实际可以测序的 ~100bp（或最多 300bp，取决于来源）长很多。因此片段的末端被排序，你只知道正向和反向读取的序列以及它们相距多远（如果我没记错的话，内部配对距离）。 This graphic Illumina 网站显示。
假设您可以对 10bp 进行测序，并且想要对长度为 25 的片段进行测序：
---r1---->
AAAAACCCCCGGGGGTTTTTAAAAA
<----r2---
在这种情况下，您的内部配对距离为 5（读取之间未排序的碱基的 nr），您将无法获得有关读取之间序列的信息（在本例中为所有 G）。如果您像这样分析较小的片段大小
---r1---->
AAAAACCCCCGGGGG
<----r2---
你的读数重叠，你得到一个负的内部配对距离。然后你会得到一些你描述的冗余信息，但通常情况并非如此。
您可以找到另一篇关于方式的有用文章 here。
希望对您有所帮助。
我的理解是来自 Illumina HiSeq/MiSeq 平台的配对末端读取看起来像这样：
R1:
AAAAAACCCCCC
R2:
GGGGGGTTTTTT
R2 中发现的读数是 R1 中发现的读数的反向补充。然而，对于我的测序数据，情况似乎并非如此。如果有帮助，我从下面运行的一个 MiSeq 中得到一个读取对。
R1:
@M01814:86:000000000-A6MU9:1:1101:15397:1339 1:N:0:2
TACTCGCACCTATCCGGCACAGCAACACCATCTGGGGCTGAATCGCAATAGCATCTCTCACTTCCTCCATATCAGATTGCTCAAGGCAAGCACTACGCTGCAGTGCCCTCCACTCCCAATTCCCTGATGCTGGTCGTAACTTGCCACACCA
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R2:
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简短回答：通常 R1 和 R2 不是彼此的反向互补。
更长的答案： reverse reads是以反向方式排序的，但是reverse reads的内容不一定是forward reads的反向补码。 大多数情况下，您想要测序的 DNA 片段比 MiSeq 实际可以测序的 ~100bp（或最多 300bp，取决于来源）长很多。因此片段的末端被排序，你只知道正向和反向读取的序列以及它们相距多远（如果我没记错的话，内部配对距离）。 This graphic Illumina 网站显示。
假设您可以对 10bp 进行测序，并且想要对长度为 25 的片段进行测序：
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AAAAACCCCCGGGGGTTTTTAAAAA
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在这种情况下，您的内部配对距离为 5（读取之间未排序的碱基的 nr），您将无法获得有关读取之间序列的信息（在本例中为所有 G）。如果您像这样分析较小的片段大小
---r1---->
AAAAACCCCCGGGGG
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你的读数重叠，你得到一个负的内部配对距离。然后你会得到一些你描述的冗余信息，但通常情况并非如此。
您可以找到另一篇关于方式的有用文章 here。
希望对您有所帮助。