从源代码构建 R：共享库的链接失败

Question

一个多星期以来，我一直在摸不着头脑，没有解决我的问题。我想使用 Intel MKL1 从 c运行源构建 R 作为共享库。这是我用来测试配置的小脚本：

#! /bin/sh export MKL=/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.109/linux/mkl MKL=" -L${_mkllibpath} \ -Wl,--start-group \ -lmkl_gf_lp64 \ -lmkl_gnu_thread \ -lmkl_core \ -Wl,--end-group \ -lgomp -lpthread" ./configure --prefix=/usr \ --libdir=/usr/lib \ --datarootdir=/usr/share \ rsharedir=/usr/share/R/ \ rincludedir=/usr/include/R/ \ rdocdir=/usr/share/doc/R/ \ --with-blas="${MKL}" \ --with-lapack \ --enable-R-shlib make -j4

这个小脚本执行以下操作：

在 x86_64
上使用 gcc 和 gfort运行构建 R
使用 gnu 线程构建 R

导出英特尔 MKL 库的路径

动态地link BLAS 到英特尔 MKL

现在是我开始生气的部分。在一个系统上，Archlinux，构建将让我在构建目录
中使用 ldd 运行的以下输出
$ ldd bin/exec/R ..... libmkl_gf_lp64.so => /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_gf_lp64.so (0x00007f7707797000) libmkl_core.so => /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so (0x00007f7705c2a000) libmkl_gnu_thread.so => /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_gnu_thread.so (0x00007f7704ed3000) libimf.so => /opt/intel/lib/libimf.so (0x00007f7704814000) libintlc.so.5 => /opt/intel/lib/libintlc.so.5 (0x00007f770284b000) .......

这正是我要找的。现在，在 Fedora22.
上运行的相同路径中安装了带有 Intel MKL 的相同脚本
$ ldd bin/exec/R linux-vdso.so.1 (0x00007ffe9a9c5000) libR.so => /usr/lib64/R/lib/libR.so (0x00007f45d9b69000) libgomp.so.1 => /lib64/libgomp.so.1 (0x00007f45d9947000) libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f45d972a000) libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f45d936a000) libblas.so.3 => /lib64/libblas.so.3 (0x00007f45d9111000) libgfortran.so.3 => /lib64/libgfortran.so.3 (0x00007f45d8de5000) ......

正如所见，英特尔 MKL 根本 links。

我玩过各种 make 选项，LD_PATHS，linker 选项等；我检查了环境变量；我检查了 ldconfig 缓存；等等。仍然无法使用 Fedora 获得正确的 linking。

我将不胜感激任何提示，在哪里寻找我的问题的根源。

Answer 1

经过多次尝试，下面是使用 Intel MKL 和 ICC 构建 R-cran 的正确脚本：

#! /bin/sh

source /opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.109/linux/bin/mklvars intel64 
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 
_icclibpath=/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.109/linux/compiler/intel64/                    
_mkllibpath=${MKLROOT}/lib/intel64/
MKL=" -L${_mkllibpath} -lmkl_rt -lpthread"

export CC="icc"
export CXX="icpc"
export AR="xiar"
export LD="xild"
export F77="ifort"

export CFLAGS="-g -O3 -xHost -I${MKLROOT}/include"
export CXXFLAGS="-g -O3 -xHost -I${MKLROOT}/include"
export FFLAGS="-I${MKLROOT}/include"
export FCFLAGS="-I${MKLROOT}/include"

# shared libs
./configure --with-blas="${MKL}" --enable-R-shlib --enable-BLAS-shlib
# static libs
#./configure --with-blas="${MKL}" --with-lapack

make -j4

注意：

脚本是为 Parallel studio 2016 编写的。更改路径因此，如果 composerxe 2015.
libRlib 和 libRblas 可以构建为共享库或静态库。
可以在配置中添加更多选项。
最好是在脚本中获取 mklvars 和 compilervars，这样它就不会构建完成后污染了您的 shell 环境。

从源代码构建 R：共享库的链接失败

build R from source: links to shared libraries failed

c++

r

fedora

shared-libraries

intel-mkl