awk：除以零输入记录号 1，文件源代码行号 1

Question

我试图通过使用 log2FoldChange 的符号乘以 p 值的倒数来获得带符号的 log10 转换的 t 检验 P 值，

cat test.xlx | sort -k7g \
             | cut -d '_' -f2- \
             | awk '!arr[]++' \
             | awk '{OFS="\t"} 
               { if (>0) printf "%s\t%4.3e\n", , 1/; else printf "%s\t%4.3e\n", , -1/ }' \
             | sort -k2gr > result.txt

text.xls =

                   ID               baseMean    log2FoldChange  lfcSE   stat    pvalue  padj
        ENSMUSG00000037692-Ahdc1    2277.002091 1.742481553 0.170388822 10.22650154 1.51e-24    2.13e-20
        ENSMUSG00000035561-Aldh1b1  768.4504879 -2.325533089    0.248837002 -9.345608047    9.14e-21    6.45e-17
        ENSMUSG00000038932-Tcfl5    556.1693605 -3.742422892    0.402475728 -9.298505809    1.42e-20    6.71e-17
        ENSMUSG00000057182-Scn3a    1363.915962 1.621456045 0.175281852 9.250564289 2.23e-20    7.89e-17
        ENSMUSG00000038552-Fndc4    378.821132  2.544026087 0.288831276 8.808000721 1.27e-18    3.6e-15

但出现错误 awk：除以零输入记录号 1，文件源行号 1

Answer 1

正如@jas 在评论中指出的那样，您需要跳过 header 行，但您的脚本可能需要进行更多的清理工作。试试这个：

sort -k7g test.xlx |
awk '
    BEGIN { OFS="\t" }
    { sub(/^[^_]+_/,"") }
    (~/[0-9]/) && (!seen[]++) { printf "%s\t%4.3e\n", , (?(>0?1:-1)/:0) }
' |
sort -k2gr
ENSMUSG00000035561-Aldh1b1      1.550e+16
ENSMUSG00000037692-Ahdc1        4.695e+19
ENSMUSG00000038552-Fndc4        2.778e+14
ENSMUSG00000038932-Tcfl5        1.490e+16
ENSMUSG00000057182-Scn3a        1.267e+16

当 $7 为零时，以上将打印零结果而不是失败。

你的原始脚本中的 cut -d '_' -f2- 有什么意义（上面用 sub() 实现？你的输入文件中没有任何 _。

awk：除以零输入记录号 1，文件源代码行号 1

awk: division by zero input record number 1, file source line number 1

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