替换特定列中的值，同时保持原始格式不变

Question

我的输入文件格式如下，

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780 100.040  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560 105.560  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  75.100  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  97.600  1.00  0.00

我想用值“32.450”替换第 8 列中的所有值，同时保持原始格式（间距）不变。即，预期的输出应该如下所示，

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

我尝试过使用简单的 awk 命令

awk -F " " '{ 
   print " " " "" "" "" "" "" "'32.450'" "" "" 
}' input.pdb > output.pdb

但是，未能保留原始格式。

谁能帮我找到更好的方法，最好是使用 awk 或 gawk？

Answer 1

如果您的示例输入中的所有列都是固定宽度的：

$ awk '{ print substr([=10=],1,47) " 32.450" substr([=10=],55) }' f.txt
ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

Answer 2

只需告诉 sed 抓住前 7 个块，跳过第 8 个块并打印后面的 7，然后是 32.450。

$  sed -r 's/(( +[^ ]+){7}) +[^ ]+/  32.450/' file
ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

Answer 3

GNU awk:

gawk '
    BEGIN {FIELDWIDTHS="5 7 4 5 6 12 8 8 6 6"; OFS=""}
    {="  32.450"; print}
' file

输入

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780 100.040  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560 105.560  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  75.100  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  97.600  1.00  0.00

输出

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

替换特定列中的值，同时保持原始格式不变

Replace values in a specific column while maintaining the orginal format intact

awk

gawk