使用 nibabel 合并多个 MRI 图像时复制 header

Question

我收到了单个 fMRI session 的多个 Nifti-Images，其中每个体积扫描都已保存到单个 3D-Nifti-file 中。这些被命名为 'foobar_001.nii'，...，'foobar_187.nii'。我想合并这些并编写了以下 for-loop 来这样做。

import numpy as np
import nibabel as ni

def merge_nii_files (sfile, ns):
    # This will load the first image for header information
    img = ni.load(sfile % (3, ns[0]))
    dshape = list(img.shape)
    dshape.append(len(ns))
    data = np.empty(dshape, dtype=img.get_data_dtype())

    header = img.header
    equal_header_test = True

    # Now load all the rest of the images
    for n, i in enumerate(ns):
        img = ni.load(sfile % (3,i))
        equal_header_test = equal_header_test and img.header == header
        data[...,n] = np.array(img.dataobj)

    imgs = ni.Nifti1Image(data, img.affine, header=header)
    if not equal_header_test:
        print("WARNING: Not all headers were equal!")
    return(imgs)

nii_files = "example_%0*d.nii"
images = merge_nii_files(nii_files, range(1,187))

如您所见，我想确保 header 信息也被复制。我的问题： 'header=header' 真的够了吗？我问是因为 imgs 具有 4 元组形状，但我使用的 header 来自 3 元组形状。我不太熟悉 nibabel 或 Nifti 文件格式的内部结构。我是否遗漏了什么，即我是否需要复制其他任何内容？

Answer 1

不，我没有错过任何东西。以上作品。

使用 nibabel 合并多个 MRI 图像时复制 header

Copy header when merging multiple MRI images using nibabel

python

image-processing

nifti