小网络叠加大网络
Super position of small network over big network
我正在 PPI 网络上工作，我正在使用 Gephi 和 rgexf 包来绘制网络图。在我的网络中有 9453 没有。顶点和 36888 个连接。所以，当在 gephi 上绘制网络时，我们无法分析任何东西，所以我只绘制前 50 个节点的网络。现在我想在前 100 个节点网络中突出显示 50 个节点的网络。这里的top表示度数最高的节点。那么有什么办法吗？
这是前 50 个节点的图，有一个节点未连接到 top50 中的任何节点：
几天来我一直在挣扎。
你可以做的是将网络导入 gephi ASIS 并计算度中心性，这将生成一个变量，其中包含图中每个顶点的度数。之后，您可以使用过滤器工具（如本演示文稿 http://www.clementlevallois.net/gephi/tuto/en/gephi_advanced%20functions_en.pdf 中所示）来限制要使用度数变量的顶点数。这是简单的方法。
或者，您可以使用 igraph 或 sna 包计算每个节点的度数，并在 write.gexf 函数中包含您的网络的属性。
更新 - 我更新了描述
好的，这不是完全微不足道的，但也不简单。我创建了一个包含 500 个节点的随机网络来向您展示示例。
- 使用 Gephi 加载网络后，您至少需要 运行 来自统计数据的 平均度 。
- 然后转到 Filters 部分，select Attributes>Range>In-degree，双击并按 Filter 按钮（注意： 在你的情况下你应该只看到 Degree 但其余的仍然适用)
- 向右移动滑块，使 Context 面板中的剩余节点数达到 ~50
这是我的样子
着色：
按住“过滤器”按钮的同时，您可以对过滤后的节点应用不同的颜色。在我的例子中，我进入了 Ranking>Nodes selected InDegree 并应用了绿色。注意你也可以select度得到你想要的效果。相应的面板如下所示：
这只会为过滤后的节点着色。或者，您可以应用节点画笔 ，但它会变得有点乏味 :)。还有第三个选项，但我把它留作练习:)。
最终图表对我来说就是这样。
您可以通过编程方式在 igraph 中执行类似的操作。您可以 select 入度数前 50 的节点，为它们分配一种颜色，为所有其他节点分配不同的颜色并导出到 GraphML。
希望对您有所帮助。
我正在 PPI 网络上工作，我正在使用 Gephi 和 rgexf 包来绘制网络图。在我的网络中有 9453 没有。顶点和 36888 个连接。所以，当在 gephi 上绘制网络时，我们无法分析任何东西，所以我只绘制前 50 个节点的网络。现在我想在前 100 个节点网络中突出显示 50 个节点的网络。这里的top表示度数最高的节点。那么有什么办法吗？
这是前 50 个节点的图，有一个节点未连接到 top50 中的任何节点：
几天来我一直在挣扎。
你可以做的是将网络导入 gephi ASIS 并计算度中心性，这将生成一个变量，其中包含图中每个顶点的度数。之后，您可以使用过滤器工具（如本演示文稿 http://www.clementlevallois.net/gephi/tuto/en/gephi_advanced%20functions_en.pdf 中所示）来限制要使用度数变量的顶点数。这是简单的方法。
或者，您可以使用 igraph 或 sna 包计算每个节点的度数，并在 write.gexf 函数中包含您的网络的属性。
更新 - 我更新了描述
好的，这不是完全微不足道的，但也不简单。我创建了一个包含 500 个节点的随机网络来向您展示示例。
- 使用 Gephi 加载网络后，您至少需要 运行 来自统计数据的 平均度 。
- 然后转到 Filters 部分，select Attributes>Range>In-degree，双击并按 Filter 按钮（注意： 在你的情况下你应该只看到 Degree 但其余的仍然适用)
- 向右移动滑块，使 Context 面板中的剩余节点数达到 ~50
这是我的样子
着色：
按住“过滤器”按钮的同时，您可以对过滤后的节点应用不同的颜色。在我的例子中，我进入了 Ranking>Nodes selected InDegree 并应用了绿色。注意你也可以select度得到你想要的效果。相应的面板如下所示：
这只会为过滤后的节点着色。或者，您可以应用节点画笔
最终图表对我来说就是这样。
您可以通过编程方式在 igraph 中执行类似的操作。您可以 select 入度数前 50 的节点，为它们分配一种颜色，为所有其他节点分配不同的颜色并导出到 GraphML。
希望对您有所帮助。