用不同的颜色显示 PCA

Question

我有这个数据：

Desc     ALL1  ALL2  AML1  AML2
Gene1    -214  -342    87  -172
Gene2    -153  -200  -248  -122
Gene3    -58    41    262   38
Gene4     88    328   295   31

我们有两种类型的组织 AML 和 ALL 白血病我想将 PCA 应用于这些数据，所以我尝试这样做：

pca <- prcomp(x = all_aml_train_gct)

现在我想绘制它：

biplot(fit)

我得到这样的信息：

如何给绘图着色以区分 ALL 和 AML？

Answer 1

一种选择是使用名为 ggbiplot 的包，它在图形方面具有更大的灵活性。我在下面提供了一些代码来演示其功能。此外，在进行 PCA 时缩放变量也很重要，我不确定你是否这样做了，但只是想仔细检查一下。

data("mtcars")

mtcars

# using cylinder as grouping variable, and weight and hp for example
cyl <- mtcars$cyl
cyl <- as.factor(cyl)
xvars <- mtcars[, c(4,7)]

# Need to scale variables for PCA due to the fact that variables with large variance will impact PCA 
xvars.scaled <- scale(xvars)

cars.pca <- prcomp(xvars.scaled)

# Create base plot
g.plot <- ggbiplot(cars.pca, obs.scale=1, var.scale=1,
               groups=cyl, ellipse=TRUE)

# Add in color
g.plot <- g.plot+ scale_color_discrete(name='')

# add in legend
g.plot <- g.plot+ theme(legend.direction='horizontal',
            legend.position='bottom')

g.plot

结果是：

更详尽的示例和教程也可以在以下 link 中找到：http://www.r-bloggers.com/computing-and-visualizing-pca-in-r/

希望对您有所帮助！

用不同的颜色显示 PCA

Displaying PCA with different colors

plot

r

pca