由于 ~/.Rprofile，check() 上的 testthat 错误而不是 test() 上的错误？

Question

编辑：

是否有可能 ~/.Rprofile 未在 check() 中加载。看起来我的整个过程都失败了，因为 ~/.Rprofile 没有加载。

完成编辑

我在使用 testthat 进行自动化测试时遇到了一个奇怪的问题。实际上，当我用 test() 测试我的包时，一切正常。但是当我用 check() 测试时，我收到一条错误消息。

错误消息说：

1. Failure (at test_DML_create_folder_start_MQ_script.R#43): DML create folder start MQ Script works with "../DML_IC_MQ_DATA/dummy_data" data 
  capture.output(messages <- source(basename(script_file))) threw an error

  Error in sprintf("%s folder got created for each raw file.", subfolder_prefix) : 
    object 'subfolder_prefix' not found

在此错误之前，我获取了一个定义 subfolder_prefix 变量的脚本，我想这就是它在 test() 情况下起作用的原因。但我希望在 check() 函数中也能得到这个运行ning。

我将post完整的测试脚本放在这里，希望不要太复杂：

library(testthat)
context("testing DML create folder and start MQ script")
test_dir <- 'dml_ic_mq_test'
start_dir <- getwd()

# list of test file folders
data_folders <- list.dirs('../DML_IC_MQ_DATA', recursive=FALSE)

for(folder in data_folders) { # for each folder with test files
  dir.create(test_dir)
  setwd(test_dir)

  script_file <- a.DML_prepare_IC.script(dbg_level=Inf) # returns filename I will source 

  test_that(sprintf('we could copy all files from "%s".', 
                    folder), {
                      expect_that(
                        all(file.copy(list.files(file.path('..',folder), full.names=TRUE), 
                                      '.', 
                                      recursive=TRUE)), 
                        is_true())
                    })
  test_that(sprintf('DML create folder start MQ Script works with "%s" data', folder), {
    expect_that(capture.output(messages <- source(basename(script_file))), 
                not(throws_error()))
  }) 
  count_rawfiles <- length(list.files(pattern='.raw$'))
  created_folders <- list.dirs(recursive=FALSE)
  test_that(sprintf('%s folder got created for each raw file.',
                    subfolder_prefix), {
                      expect_equal(length(grep(subfolder_prefix, created_folders)),
                                   count_rawfiles)
                    })
  setwd(start_dir)  
  unlink(test_dir, recursive=TRUE)
}

在我的脚本中我定义了变量 subfolder_prefix <- 'IC_' 并且在测试中我检查是否为每个原始文件创建了相同数量的文件夹...这就是我的脚本应该做的...

所以正如我所说，我不确定如何在此处调试此问题，因为 test() 有效，但 check() 在运行.

测试期间失败

Answer 1

现在我知道要查看 devtools 我们可以找到答案。根据文档 check "automatically builds and checks a source package, using all known best practices"。这包括忽略 .Rprofile。看起来 check 调用 build 并且所有这些工作都是在一个单独的（干净的）R 会话中完成的。相反，test 似乎使用您当前的运行会话（在新环境中）。

由于 ~/.Rprofile，check() 上的 testthat 错误而不是 test() 上的错误？

testthat error on check() but not on test() because of ~/.Rprofile?

r

package-development

testthat