在素食包中使用 Specpool 时出现错误消息
Error message when using Specpool in Vegan Package
我正在尝试计算站点列表的物种丰富度和混乱度。但是我不断收到此错误消息：
Error in if (a2 > 0) var.chao[is] <- a1 * ssc * (0.5 + ssc * (1 + aa/4) * : missing value where TRUE/FALSE needed
我不完全确定错误消息试图暗示什么。 Specpool 在尝试查找某个国家/地区的值（例如）时使用相同的数据集，而不是在我使用网站类别时。
如果需要我可以提供数据集。
有人有什么想法吗？
我发现了问题所在。我有一个站点，在那里我只记录了一种物种，这使得 Chao 计算变得不可能。
有些案例每个 class 有一个抽样单位。 specpool 函数基于 presence/absence 采样单元集合中的数据和物种频率数。只有一个站点，您不能只有 frequency = 1，并且某些索引（Chao，二阶 Jackknife）需要 doubletons 的数量（= 在两个采样单元中出现的物种数量）。尽管无法从 specpool 中的单个采样单元估计外推丰富度，但应顺利处理此类情况。 vegan 的 github 版本现在可以处理这些情况，我已安排下周发布 vegan 2.3-3 并修复此问题。 one-sampling-unit 案例现在将 return non-extrapolated 观察到的所有指数的标准误差 = 0 的物种数量。
您似乎 classes 有一个或两个抽样单位。虽然可以估计两个抽样单位的外推物种丰富度，但我不相信这样的外推：你需要更大的集合（如果你仔细阅读 specpool 文档 和 引用的文章其中，您可能会看到我们通常对这些推断不太信任）。
我正在尝试计算站点列表的物种丰富度和混乱度。但是我不断收到此错误消息：
Error in if (a2 > 0) var.chao[is] <- a1 * ssc * (0.5 + ssc * (1 + aa/4) * : missing value where TRUE/FALSE needed
我不完全确定错误消息试图暗示什么。 Specpool 在尝试查找某个国家/地区的值（例如）时使用相同的数据集，而不是在我使用网站类别时。
如果需要我可以提供数据集。
有人有什么想法吗？
我发现了问题所在。我有一个站点，在那里我只记录了一种物种，这使得 Chao 计算变得不可能。
有些案例每个 class 有一个抽样单位。 specpool 函数基于 presence/absence 采样单元集合中的数据和物种频率数。只有一个站点，您不能只有 frequency = 1，并且某些索引（Chao，二阶 Jackknife）需要 doubletons 的数量（= 在两个采样单元中出现的物种数量）。尽管无法从 specpool 中的单个采样单元估计外推丰富度，但应顺利处理此类情况。 vegan 的 github 版本现在可以处理这些情况，我已安排下周发布 vegan 2.3-3 并修复此问题。 one-sampling-unit 案例现在将 return non-extrapolated 观察到的所有指数的标准误差 = 0 的物种数量。
您似乎 classes 有一个或两个抽样单位。虽然可以估计两个抽样单位的外推物种丰富度，但我不相信这样的外推：你需要更大的集合（如果你仔细阅读 specpool 文档 和 引用的文章其中，您可能会看到我们通常对这些推断不太信任）。