Python 列出切片序列遗传密码

Question

我有一个列表，我想从字典中提取每个元素的值，我想 return 获取从 AUG 开始到 '*' 结束的新列表或字典中不存在的元素。

例如：

CodD = {"UUU":"F", "UUC":"F", "UUA":"L", "UUG":"L",
 "UCU":"S", "UCC":"s", "UCA":"S", "UCG":"S",
 "UAU":"Y", "UAC":"Y", "UAA":"*", "UAG":"*",
 "UGU":"C", "UGC":"C", "UGA":"*", "UGG":"W",
 "CUU":"L", "CUC":"L", "CUA":"L", "CUG":"L",
 "CCU":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
 "CAU":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
 "CGU":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
 "AUU":"I", "AUC":"I", "AUA":"I", "AUG":"M",
 "ACU":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
 "AAU":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
 "AGU":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
 "GUU":"V", "GUC":"V", "GUA":"V", "GUG":"V",
 "GCU":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
 "GAU":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
 "GGU":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G",}

输入列表：

['UAU', 'AUG', 'AAA', 'UAG', 'CAA', 'GUU', 'UUA', 'UUU', 'AAA', 'UAA', 'GGG',
 'UUU', 'AAA', 'UAC', 'AUU', 'ACA', 'CAU', 'AAC', 'AUU', 'UAG', 'ACU', 'UAG',
 'GGG', 'AUG', 'AAA', 'AAA', 'ACC', 'AAA', 'AAC', 'CAG', 'UUU', 'GUU', 'ACU',
 'UAA', 'CAU', 'GGC', 'AUU', 'GGG', 'CAG']

结果会是

['M','K']
['M','K','K','T','K','Q']

这些是由：

找到列表中的第一个 'AUG' 元素，这将启动一个输出序列
将CodD[element]的每个结果添加到输出序列
如果 CodD[element] 不存在，或者是 '*'，则输出序列结束。
回到1.直到输入列表用完

一旦开始，在这样的序列中是否再次找到 'AUG' 并不重要。

Answer 1

您可以使用生成器：

def sequences(mapping, lst):
    result = None
    for elem in lst:
        if elem == 'AUG' and result is None:
            # start a new list
            result = []
        if result is None:
            # not currently creating an input sequence, ignore this element
            continue
        value = mapping.get(elem)
        if value is None or value == '*':
            # sequence end
            yield result
            result = None
            continue
        result.append(value)

演示：

>>> # I named your list 'sample' here
...
>>> for result in sequences(CodD, sample):
...     print result
...
['M', 'K']
['M', 'K', 'K', 'T', 'K', 'N', 'Q', 'F', 'V', 'T']

Python 列出切片序列遗传密码

Python list slicing sequence genetic code

python

sequence