MCMC 贝叶斯推理的 JAGS 错误

Question

在 R 中，我是运行一个 MCMC 贝叶斯推理，用于从 Gamma 分布的混合数据中推断。这里使用了 JAGS。模型文件gmd.bug如下

model {
for (i in 1:N) {
y[i] ~ dsum(p*one, (1-p)*two)
}
one ~ dgamma(alpha1, beta1)
two ~ dgamma(alpha2, beta2)    alpha1 ~ dunif(0, 10)
beta1 ~ dunif(0, 10)
alpha2 ~ dunif(0, 10)
beta2 ~ dunif(0, 10)
p ~ dunif(0, 1)
}

那么，这是推理阶段

gmd.jags = jags.model("gmd.bug",
data = list(N = NROW(a), y=unlist(a)),
inits = inits, n.chains = 3, n.adapt = 1000)

下面是让我疑惑的错误

Error in jags.model("gmd.bug", data = list(N = NROW(a), y = unlist(a)),  : 
Error in node y[1]
Node inconsistent with parents

有人知道这里需要修复什么吗？

Answer 1

回答 OP 的原始问题 当你写 y[i] ~ dsum(p*dgamma(alpha1, beta1), (1-p)*dgamma(alpha2, beta2)) 时，dgamma(alpha1, beta1) 需要被 [i] 索引，如

gamma1[i] ~ dgamma(alpha1, beta1)
gamma2[i] ~ dgamma(alpha2, beta2)

回答 OP 的第二个问题（编辑后）

这就是你问题的症结所在。但是修复它会带来额外的困难，因为为了确保 y[i] 在初始化时与其父级一致，您需要确保在初始化时 y[i] == p*gamma1[i]+(1-p)*gamma2[i] 严格为真。如果你让 JAGS 自动处理初始化，它会从先验开始初始化，而不理解 dsum 对初始值施加的约束，你会得到一个错误。一种策略是在 y.

处同时初始化 gamma1 和 gamma2

下面的代码对我有用（当然你会想要运行更多的迭代）：

# Data simulation:
library(rjags)
N=200
alpha1 <- 3
beta1 <- 3
alpha2 <- 5
beta2 <- 1
p <- .7

y <- vector(mode="numeric", length=N)
for(i in 1:N){
  y[i] <- p*rgamma(1,alpha1,beta1) + (1-p)*rgamma(1,alpha1,beta1)
}

# JAGS model
sink("mymodel.txt")
cat("model{
    for (i in 1:N) {
      gamma1[i] ~ dgamma(alpha1, beta1)
      gamma2[i] ~ dgamma(alpha2, beta2)
      pg1[i] <- p*gamma1[i]
      pg2[i] <- (1-p)*gamma2[i]
      y[i] ~ dsum(pg1[i], pg2[i])
    }
    alpha1 ~ dunif(0, 10)
    beta1 ~ dunif(0, 10)
    alpha2 ~ dunif(0, 10)
    beta2 ~ dunif(0, 10)
    p ~ dunif(0, 1)
    }", fill=TRUE)
sink()
jags.data <- list(N=N, y=y)

inits <- function(){list(gamma1=y, gamma2=y)}

params <- c("alpha1", "beta1", "alpha2", "beta2", "p")

nc <- 5
n.adapt <-200
n.burn <- 200
n.iter <- 1000
thin <- 10
mymodel <- jags.model('mymodel.txt', data = jags.data, inits=inits, n.chains=nc, n.adapt=n.adapt)
update(mymodel, n.burn)
mymodel_samples <- coda.samples(mymodel,params,n.iter=n.iter, thin=thin)

MCMC 贝叶斯推理的 JAGS 错误

JAGS error for MCMC Bayesian inference

r

mcmc

jags