R散点图的形状，颜色和填充

Question

我是 R 的新手，我正在尝试构建一个散点图，根据形状、颜色对我的数据进行编码，fill.I 想要 5 种不同的颜色、3 种不同的形状，这些是填充或不填充（在非填充点，我仍然想要形状和颜色）。我的数据基本上是这样的：

blank.test <- read.table(header=T, text="Colour Shape Fill X13C X15N
1       B     B    A   16   10
2       D     A    A   16   12
3       E     A    B   17   14
4       C     A    A   14   18
5       A     A    B   13   18
6       C     B    B   18   13
7       E     C    B   10   12
8       E     A    B   11   10
9       A     C    B   14   13
10      B     A    A   11   14
11      C     B    A   11   10
12      E     B    A   11   19
13      A     B    A   10   18
14      A     C    B   17   16
15      E     B    A   16   13
16      A     C    A   16   14")

如果我这样做：

ggplot(blank.test, aes(x=X13C, y=X15N,size=5)) + 
                    geom_point(aes(shape=Shape,fill=Fill,color=Colour))

我没有得到填充或未填充的数据点

我做了一点研究，看起来问题出在符号本身，不能对线条和填充采用不同的设置；建议我使用 21 到 25 之间的形状 pch

但是如果我这样做：

ggplot(blank.test, aes(x=X13C, y=X15N,color=(Colour), shape=(Shape),fill=(Fill),size=5)) + 
                 geom_point() + scale_shape_manual(values=c(21,22,25))`

我还是没有得到我想要的

我也试过 scale_fill_manual 没有任何好结果。

Answer 1

我不认为你可以使用填充点。我要做的是在填充和形状之间创建交互，并使用这个新因素来定义你的形状和 fill/open 符号

blank.test$inter <- with(blank.test, interaction(Shape,  Fill))

然后对于你的情节我会使用类似的东西

ggplot(blank.test, aes(x=X13C, y=X15N)) + 
                    geom_point(aes(shape=inter,color=Colour)) + scale_shape_manual(name="shape", values=c(0,15,1, 16, 2, 17)) + scale_color_manual(name="colour", values=c("red","blue","yellow", "green", "purple"))

Answer 2

我可以让情节正常运行，但传说似乎绝对坚持 fill 是黑色的。我不知道为什么。也许其他人对此有答案。

图例中的 5 是因为它位于 aes 中，其中只有随数据变化的元素才属于该图例。

下面是一些示例代码：

ggplot(blank.test, aes(x = X13C, y = X15N, color = Colour, shape = Shape, fill = Fill)) + 
  geom_point(size = 5, stroke = 3) + 
  scale_shape_manual(values=c(21,22,25)) +
  scale_color_brewer(palette = "Set2") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set1") +
  theme_bw()

R散点图的形状，颜色和填充

R scatter plot by shape, colour and fill

plot

r

fill

ggplot2