在 R 的热图中写入 table，行名称在聚类后排序。2

Question

使用以下代码：

mydata <- mtcars
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
distfunc <- function(x) dist(x,method="euclidean")
heatmap.2(as.matrix(mydata),dendrogram="row",trace="none", margin=c(8,9), hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);

我得到以下热图：

我想做的是将聚类的结果保存到一个文本文件中但行名称按聚类结果排序：

mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
Toyota Corolla 33.9 4 71.1 65 4.22 1.835 19.9 1 1 4 1
Porsche 914-2 26 4 120.3 91 4.43 2.14 16.7 0 1 5 2
Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.32 18.61 1 1 4 1
....
Maserati Bora 15 8 301 335 3.54 3.57 14.6 0 1 5 8

有什么方法可以做到？我在上面代码的 heatmap.2 行之后尝试了这个，但没有给出结果如我所愿。

write.table(mydata, "~/Desktop/tmp.txt",row.names = TRUE, quote=FALSE)

Answer 1

heatmap.2 函数不会对您的原始数据执行任何操作。如果您保存调用 heatmap.2 函数的结果，它将 return 可用于对数据重新排序的行树状图。例如

hh<-heatmap.2(as.matrix(mydata),dendrogram="row",
    trace="none", margin=c(8,9), 
    hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);

sorted <- mydata[match(rev(labels(hh$rowDendrogram)), rownames(mydata)), ]

#view result
head(sorted)
#               mpg cyl  disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
# Toyota Corona 21.5   4 120.1  97 3.70 2.465 20.01  1  0    3    1
# Porsche 914-2 26.0   4 120.3  91 4.43 2.140 16.70  0  1    5    2
# Datsun 710    22.8   4 108.0  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
# Volvo 142E    21.4   4 121.0 109 4.11 2.780 18.60  1  1    4    2
# Merc 230      22.8   4 140.8  95 3.92 3.150 22.90  1  0    4    2
# Lotus Europa  30.4   4  95.1 113 3.77 1.513 16.90  1  1    5    2

然后你可以使用 write.table

将 data.frame 的排序版本写入磁盘

在 R 的热图中写入 table，行名称在聚类后排序。2

Write table with row name ordered after clustering in R's heatmap.2

r

heatmap