Ubuntu 上的 Rcpp 库无法构建（找不到编译器）

Question

我有一个依赖于 Rcpp 的包，并使用了从 src/ 中的子目录编译的另外两个库。该软件包使用 clang 编译器在 Mac OSX 上构建良好。但是，在 RStudio Ubuntu 服务器上，它无法构建。构建的前两个步骤（在 link 中的子目录中创建静态库）工作正常，我可以看到如下所示的合理构建命令：

g++ -Wall -I../../inst/include/ --std=c++11 -lhts -L../htslib/ -lz -lm -c -o someLibFile.o someLibFile.cpp

然而，在构建过程的最后一步，它尝试构建 Rcpp 代码并绑定到库，由于某种原因，它似乎无法将编译器命令放在前面（ g++) 并且只输出命令的后半部分。

 -o mypackage.so RcppExports.o temp.o -lhts -lpbbam -Lpbbam/ -L/htslib/ -Lpbbam/ -L/mnt/software/r/R/3.1.1/usr/lib/R/lib -lR

相比之下，在 Mac 上它构建得很好，在这个最终命令前面附加 clang++ 和其他标志：

 clang++ -std=c++11 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o pbbamr.so LoadData.o RcppExports.o temp.o -lhts -lpbbam -Lpbbam/ -Lhtslib/ -Lpbbam/ -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

如何在这一步使用 Ubuntu 上的 g++ 编译器？我有一个自定义的 Makevars 文件，但它只是为了在子目录中构建依赖项，所以我不知道为什么这会导致任何问题（因为它适用于 Mac OSX).

更多信息

如果我删除 Makevars 文件，似乎可以找到编译器。但是，我正在使用的 Makevars 文件本质上是 R 扩展指南中给出的示例的直接副本，其中添加了一个启用 C++11 的示例：

 CXX_STD = CXX11
.PHONY: all mylibs

all: $(SHLIB)
    $(SHLIB): mylibs

mylibs:
    (cd subdir; make)

删除行 CXX_STD 后，它确实会在命令前面添加一个编译器。

Answer 1

简述：

你的 R 安装是什么？您可能应该运行迈克尔通过 CRAN 提供的二进制文件；它们基于我的 Debian 上传；我运行这些也在一堆机器上
原因是 R 'remembers' 其编译时设置通过 $RHOME/etc/Makefconf。这应该只是 CXX=g+=.
当您安装 r-base-dev（来自 Ubuntu 或来自 CRAN 的更新版本）时，您还会获得 build-essential 软件包以及所有常见的依赖项。有了这些东西就可以了。

但是，如果您正在做一些特殊的或本地的事情，那么您必须处理本地更改。基本 Ubuntu 设置被成千上万的人和日常工作使用——包括 Travis 为无数 GitHub 回购构建。

Answer 2

这是由于使用 outdated/unusual R 安装导致的，它对 C++11 的支持很差。解决此问题的最佳方法是升级到更新版本的 R，或使用标准 R 安装 (sudo apt-get install r-base-dev)。下面描述了一个糟糕的解决方法。

问题原因和不好的解决方法

在编写使用 C++11 的 R 扩展时，通常在 Makevars 文件中设置 CXX_STD = CXX11 或在 DESCRIPTION 文件中列出 SystemRequirements: C++11。这些将触发 R 使用 Makeconf 文件（位于 file.path(R.home(), "etc/Makeconf")）中的以下标志设置的编译器。

CXX1X
CXX1XFLAGS
CXX1XPICFLAGS
CXX1XSTD

请注意，其中一些可能已在此文件中设置，但并非所有设置都可能表明存在问题。如果这些设置有问题或未设置，R 似乎使用空字符串 "" 作为 C++ 代码的 compiler/linker，导致上面显示的没有给出编译器参数的问题。

如果升级不是一个选项并且您需要在已知机器上部署，一个解决方法是通过制作一个更特殊的 Makevars 文件来手动设置 C++11。例如，您可以：

从 Makevars 文件中删除 CXX_STD=CXX11 行。
从 DESCRIPTION 文件中删除 SystemRequirements: C++11。
添加 --std=c++11 和 PKG_CPPFLAGS、PKG_CFLAGS、PKG_CXXFLAGS 或用于编译代码的任何变量所需的任何其他要求，以手动设置所需的标志（假设机器的编译器确实支持 C++11）。

上述解决方案不是特别可靠，但可以在机器无法升级的情况下用作变通方法。

感谢@DirkEddelbuettel 不仅撰写 Rcpp 而且愿意在 Whosebug 上支持它并帮助解决此类问题。

Ubuntu 上的 Rcpp 库无法构建（找不到编译器）

Rcpp Library Won't Build (Can't find Compiler) on Ubuntu

c++

ubuntu

r

rcpp