在多对列上提取和格式化 cor.test 的结果

Question

我正在尝试生成相关矩阵的 table 输出。具体来说，我正在使用 for 循环来确定列 4:40 中所有数据与第 1 列之间的相关性。虽然 table 的结果不错，但不是确定正在与什么进行比较。在检查 cor.test 的属性时，我发现 data.name 被指定为 x[1] 和 y[1]，这不足以追溯哪些列与哪些列进行比较。这是我的代码：

input <- read.delim(file="InputData.txt", header=TRUE)
x<-input[,41, drop=FALSE]
y=input[,4:40]
corr.values <- vector("list", 37)
for (i in 1:length(y) ){
  corr.values[[i]] <- cor.test(x[[1]], y[[i]], method="pearson")
}
lres <- sapply(corr.values, `[`, c("statistic","p.value","estimate","method", "data.name"))
lres<-t(lres)
write.table(lres, file="output.xls", sep="\t",row.names=TRUE)

输出文件如下所示：

       statistic        p.value     estimate                                  method            data.name   
1   -2.030111981    0.042938137 -0.095687495    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
2   -2.795786248    0.005400938 -0.131239287    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
3   -2.099114632    0.036368337 -0.098908573    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
4   -1.920649487    0.055413178 -0.090571599    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
5   -1.981326962    0.048168291 -0.093408365    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
6   -2.80390736      0.00526909 -0.131613912    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
7   -1.265138839    0.206482153 -0.059798855    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
8   -2.861448156    0.004415411 -0.134266636    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
9   -2.103403363    0.035990039 -0.099108672    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]
10  -3.610094985    0.000340807 -0.168498786    Pearson's product-moment correlation    x[[1]] and y[[i]]

显然，这并不完美，因为行已编号并且无法分辨出哪个相关性与什么相关。有没有办法来解决这个问题？我尝试了很多解决方案，但 none worked.I 知道诀窍一定在于编辑 data.name 属性，但我不知道该怎么做。

Answer 1

这是一种 return 数据框的方法，其中包含所有 cor.test 结果，其中还包括计算每个相关性的变量的名称：我们创建一个函数来提取相关结果cor.test 然后使用 mapply 将函数应用于我们想要相关性的每对变量。 mapply return 是一个列表，所以我们使用 do.call(rbind, ...) 把它变成一个数据框。

# Function to extract correlation coefficient and p-values
corrFunc <- function(var1, var2, data) {
  result = cor.test(data[,var1], data[,var2])
  data.frame(var1, var2, result[c("estimate","p.value","statistic","method")], 
             stringsAsFactors=FALSE)
}

## Pairs of variables for which we want correlations
vars = data.frame(v1=names(mtcars)[1], v2=names(mtcars)[-1])

# Apply corrFunc to all rows of vars
corrs = do.call(rbind, mapply(corrFunc, vars[,1], vars[,2], MoreArgs=list(data=mtcars), 
                              SIMPLIFY=FALSE))

     var1 var2   estimate      p.value statistic                               method
cor   mpg  cyl -0.8475514 9.380327e-10 -8.747152 Pearson's product-moment correlation
cor1  mpg disp -0.7761684 1.787835e-07 -6.742389 Pearson's product-moment correlation
cor2  mpg   hp  0.4186840 1.708199e-02  2.525213 Pearson's product-moment correlation
cor3  mpg drat  0.6811719 1.776240e-05  5.096042 Pearson's product-moment correlation
cor4  mpg   wt  0.4802848 5.400948e-03  2.999191 Pearson's product-moment correlation
cor5  mpg qsec  0.6640389 3.415937e-05  4.864385 Pearson's product-moment correlation
cor6  mpg   vs  0.5998324 2.850207e-04  4.106127 Pearson's product-moment correlation
cor7  mpg   am  1.0000000 0.000000e+00       Inf Pearson's product-moment correlation
cor8  mpg gear -0.8676594 1.293959e-10 -9.559044 Pearson's product-moment correlation
cor9  mpg carb -0.8521620 6.112687e-10 -8.919699 Pearson's product-moment correlation

在多对列上提取和格式化 cor.test 的结果

Extracting and formatting results of cor.test on multiple pairs of columns

statistics

r

correlation