双向扩展范围

Question

我有一个 GRanges 对象，我想扩展所有范围，例如两侧各增加 1kb，因此每个范围都会长 2kb。这很奇怪，但我无法使用 GenomicRanges 或 IRanges 的 inter-range-methods 来做到这一点。产生所需结果的一种方法是使用两次调整大小，首先扩展 5'，然后扩展 3'。但这当然是非常尴尬的。没有更直接的方法吗？请指教

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr <- resize(gr, fix='start', width=width(gr)+10)
gr <- resize(gr, fix='end', width=width(gr)+10)
gr

Answer 1

很简单。您可以在 GenomicRanges.

中使用 start 和 end 函数

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#       seqnames     ranges strand
#          <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#   [1]     chr1 [ 20,  29]      +
#   [2]     chr1 [120, 129]      +
#   -------
#   seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

start(gr) <- start(gr) - 10
end(gr) <- end(gr) + 10
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#      seqnames     ranges strand
#         <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#  [1]     chr1 [ 10,  39]      +
#  [2]     chr1 [110, 139]      +
#  -------
#  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

Answer 2

GRanges 支持 - 和 + 等运算符

gr + 10

会成功的。

Answer 3

三年后但是...

一种直接的方法是使用 GRanges 的调整大小方法和 fix 参数：

gr <- resize(gr, width = width(gr)+(desired_size*2), fix = "center")

Answer 4

您可以使用 flank:

gr <- flank(gr, width=10, both=TRUE)

双向扩展范围

Extend range in both directions

r

bioconductor

iranges