安装错误和 运行 rcpp
Error installing and running rcpp
我是 R 的新手，很抱歉提出了一个愚蠢的问题。我正在尝试获取 rcpp 运行ning，但我陷入了 R 的无限循环，要求我重新安装 RTools。
我大致遵循了 this blog post 中的代码，尽管第一次关闭时我手动安装了所有内容，随后我又重新安装了几次。我是 运行ning Windows 7，R 版本 3.1.2，R Studio 版本 0.98.1091（不是说这应该很重要）和 RTools 3.1.
我的控制台经过编辑的亮点如下：
> library(installr)
Welcome to installr version 0.15.3...
> install.Rtools()
Loading required package: devtools
No need to install Rtools - You've got the relevant version of Rtools installed
> find_rtools()
[1] TRUE
> library(Rcpp)
> evalCpp("1+1")
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput, :
Error 65535 occurred building shared library.
此时弹出一个对话框说：
Install Build Tools
Compiling C/C++ code for R requires installation of additional build tools.
Do you want to install the additional tools now?
然后我被指示再次从 cran 下载并重新安装 RTools 3.1。
我发现这可能是 PATH 变量的问题，但我尝试了各种方法，包括：
- PATH 变量中没有（额外的）内容
- 包括对 R (C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\x64) 和 RTools (C:\RBuildTools.1\bin;C:\RBuildTools.1\gcc-4.6.3\bin;) 在路径中。一次先用 RTools，一次先用 R
- 按照初始安装文件的指示，在 PATH 中仅包含对 RTools 的引用。
任何关于尝试的想法都将不胜感激！
编辑
根据 Dirk 的评论，我似乎对 RTools 的安装方式有疑问。我已经按照几个博客/教程中关于如何安装 RTools 的说明进行操作；一切都无济于事（还！）
This GitHub page 给出了一些关于如何安装和检查安装是否有效的说明。我已经完成了所有检查（请参阅下面的控制台副本），看起来我已经安装了 RTools，但是当我再次尝试 运行 evalCPP() 时，我得到了相同的错误在指示我安装 RTools 之前。
> Sys.getenv('PATH')
[1] "C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\x64;C:\RTools\bin;C:\RTools\gcc-4.6.3\bin;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\WINDOWS\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Enterprise Vault\EVClient\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\VSShell\Common7\IDE\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\;C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\Common7\IDE\PrivateAssemblies\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Installer\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SDKs\TypeScript\1.0\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\"
Warning message:
printing of extremely long output is truncated
> system('g++ -v')
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=C:\RTools\GCC-46~1.3\bin\G__~1.EXE
COLLECT_LTO_WRAPPER=c:/rtools/gcc-46~1.3/bin/../libexec/gcc/i686-w64-mingw32/4.6.3/lto-wrapper.exe
Target: i686-w64-mingw32
Configured with: /data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/src/gcc/configure --host=i686-w64-mingw32 --build=x86_64-linux-gnu --target=i686-w64-mingw32 --with-sysroot=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --prefix=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --with-gmp=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpfr=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpc=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --disable-shared --enable-static --enable-targets=all --enable-languages=c,c++,fortran --enable-libgomp --enable-sjlj-exceptions --enable-fully-dynamic-string --disable-nls --disable-werror --enable-checking=release --disable-win32-registry --disable-rpath --disable-werror CFLAGS='-O2 -mtune=core2 -fomit-frame-pointer' LDFLAGS=
Thread model: win32
gcc version 4.6.3 20111208 (prerelease) (GCC)
> system('where make')
C:\Rtools\bin\make.exe
我还查看了 Appendix D of R Installation and Admin. I can't see anything in here I've not already tried except for section D.4，这意味着我可能需要使用已安装的 RTools 从源代码重建 rcpp。我没有时间马上做这件事，但会尝试一下，除非有人说这条路线不值得我花时间。
编辑 v2
所以我尝试从源代码构建 rcpp ...但也没有用。我从 the CRAN Rcpp package page 下载了包源和 windows 二进制文件。在 R 控制台中，我现在得到：
> install.packages(pkgs = "C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz", repos = NULL, contriburl = NULL, type = "source", verbose = TRUE)
Installing package into ‘C:/Users/james.macadie/Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
system (cmd0): C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/bin/x64/R CMD INSTALL
Warning in install.packages :
package ‘C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz’ is not available (for R version 3.1.2)
我想我的活跃问题现在可以归结为：
- 读完上面的全部 post 谁能告诉我如何解决问题才能正常工作？或者，如果失败...
- 我可以做什么测试 运行 检查我是否确实正确安装了 Rtools？我在互联网上找到的所有内容都表明我这样做：
system('where make') 等。但是，无法 运行 evalCpp 或其他 rccp 功能的证据表明我不这样做。
- 从源代码构建时我做错了什么？我应该尝试命令行选项吗？
编辑 v3
运行 evalCpp 与 showOutput= TRUE 和 verbose = TRUE 我想我已经将错误追溯到 R CMD SHLIB 不工作。我遵循了 this blog，它展示了如何直接使用命令行 R。然而，当我到达 R CMD SHLIB sequence_examples.c 行时，执行直接跳到下一个命令行，不做任何事情，在目录中生成任何文件或抛出任何错误。我在命令行尝试了 运行ning --help 选项，但得到了同样的错误：
C:\Users\james.macadie> R --help
Or: R CMD command args
where 'command' is one of:
INSTALL Install add-on packages
REMOVE Remove add-on packages
SHLIB Make a DLL for use with dynload
BATCH Run R in batch mode
build Build add-on packages
check Check add-on packages
Rprof Post process R profiling files
Rdconv Convert Rd format to various other formats
Rdiff difference R output files
Rd2pdf Convert Rd format to PDF
Rd2txt Convert Rd format to pretty text
Stangle Extract S/R code from vignette
Sweave Process vignette documentation
config Obtain configuration information about R
open Open a file via Windows file associations
texify Process a latex file
Use
R CMD command --help
for usage information for each command.
C:\Users\james.macadie> R CMD SHLIB --help
C:\Users\james.macadie>
N.B。对于那些阅读早期代码示例的人来说 post 自从那些代码快照以来我已经更改了一些东西：
- 我已经将 R 直接安装到 C:\R。它曾经位于 C:\Program Files\R\ 但正如建议的那样，带有空格的文件路径可能会导致问题
- 我在 C:\Rtools\ 下引用 Rtools 而不是 C:\RBuildTools\
一如既往地感谢您的任何建议
最后有点偏左。受到 following post 的启发，我查看了 ComSpec 环境变量。不太确定如何，但我将其设置为 "cmd.exe".
删除双引号，所以它说 cmd.exe，然后重新启动修复一切。
感谢所有试图提供帮助的人。
尝试安装 Twitter 的 BreakoutDetection（也是用 cpp 编写的）时遇到同样的死循环问题
通过执行以下
修复
Sys.setenv(PATH="%PATH%;C:/Rtools/gcc-4.6.3/bin;c:/Rtools/bin")
然后在出现以下提示时回答 "no"：
"Install Build Tools Compiling C/C++ code for R requires installation of additional build tools. Do you want to install the additional tools now?"
没有独立尝试过这些操作，所以不确定自己是否可以解决问题
我发现确保所有这些都在我的路径中修复了它。我是在关闭 RStudio 的情况下完成的；之后我没有重启。
C:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\x64
C:\Program Files\R\R-3.1.3\bin
C:\RBuildTools.2\bin
C:\RBuildTools.2\gcc-4.6.3\bin64
C:\RBuildTools.2\gcc-4.6.3\bin
C:\RBuildTools.2\gcc-4.6.3\i686-w64-mingw32\bin
这些在我的 Win7-64 位电脑上。 YMMV，我发布此内容主要是为了确保其他人在遇到相同问题时能够看到。
我遇到了同样的问题，我通过将 Rtools 目录添加到环境变量中解决了这个问题：
Sys.setenv(BINPREF = "C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")
我是 R 的新手，很抱歉提出了一个愚蠢的问题。我正在尝试获取 rcpp 运行ning，但我陷入了 R 的无限循环，要求我重新安装 RTools。
我大致遵循了 this blog post 中的代码，尽管第一次关闭时我手动安装了所有内容，随后我又重新安装了几次。我是 运行ning Windows 7，R 版本 3.1.2，R Studio 版本 0.98.1091（不是说这应该很重要）和 RTools 3.1.
我的控制台经过编辑的亮点如下：
> library(installr)
Welcome to installr version 0.15.3...
> install.Rtools()
Loading required package: devtools
No need to install Rtools - You've got the relevant version of Rtools installed
> find_rtools()
[1] TRUE
> library(Rcpp)
> evalCpp("1+1")
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput, :
Error 65535 occurred building shared library.
此时弹出一个对话框说：
Install Build Tools Compiling C/C++ code for R requires installation of additional build tools. Do you want to install the additional tools now?
然后我被指示再次从 cran 下载并重新安装 RTools 3.1。
我发现这可能是 PATH 变量的问题，但我尝试了各种方法，包括：
- PATH 变量中没有（额外的）内容
- 包括对 R (C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\x64) 和 RTools (C:\RBuildTools.1\bin;C:\RBuildTools.1\gcc-4.6.3\bin;) 在路径中。一次先用 RTools，一次先用 R
- 按照初始安装文件的指示，在 PATH 中仅包含对 RTools 的引用。
任何关于尝试的想法都将不胜感激！
编辑
根据 Dirk 的评论，我似乎对 RTools 的安装方式有疑问。我已经按照几个博客/教程中关于如何安装 RTools 的说明进行操作；一切都无济于事（还！）
This GitHub page 给出了一些关于如何安装和检查安装是否有效的说明。我已经完成了所有检查（请参阅下面的控制台副本），看起来我已经安装了 RTools，但是当我再次尝试 运行 evalCPP() 时，我得到了相同的错误在指示我安装 RTools 之前。
> Sys.getenv('PATH')
[1] "C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\x64;C:\RTools\bin;C:\RTools\gcc-4.6.3\bin;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\WINDOWS\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Enterprise Vault\EVClient\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\VSShell\Common7\IDE\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\;C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\Common7\IDE\PrivateAssemblies\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\110\Tools\Binn\;C:\Program Files\Microsoft\Web Platform Installer\;C:\Program Files (x86)\Microsoft SDKs\TypeScript\1.0\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\"
Warning message:
printing of extremely long output is truncated
> system('g++ -v')
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=C:\RTools\GCC-46~1.3\bin\G__~1.EXE
COLLECT_LTO_WRAPPER=c:/rtools/gcc-46~1.3/bin/../libexec/gcc/i686-w64-mingw32/4.6.3/lto-wrapper.exe
Target: i686-w64-mingw32
Configured with: /data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/src/gcc/configure --host=i686-w64-mingw32 --build=x86_64-linux-gnu --target=i686-w64-mingw32 --with-sysroot=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --prefix=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --with-gmp=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpfr=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpc=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --disable-shared --enable-static --enable-targets=all --enable-languages=c,c++,fortran --enable-libgomp --enable-sjlj-exceptions --enable-fully-dynamic-string --disable-nls --disable-werror --enable-checking=release --disable-win32-registry --disable-rpath --disable-werror CFLAGS='-O2 -mtune=core2 -fomit-frame-pointer' LDFLAGS=
Thread model: win32
gcc version 4.6.3 20111208 (prerelease) (GCC)
> system('where make')
C:\Rtools\bin\make.exe
我还查看了 Appendix D of R Installation and Admin. I can't see anything in here I've not already tried except for section D.4，这意味着我可能需要使用已安装的 RTools 从源代码重建 rcpp。我没有时间马上做这件事，但会尝试一下，除非有人说这条路线不值得我花时间。
编辑 v2
所以我尝试从源代码构建 rcpp ...但也没有用。我从 the CRAN Rcpp package page 下载了包源和 windows 二进制文件。在 R 控制台中，我现在得到：
> install.packages(pkgs = "C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz", repos = NULL, contriburl = NULL, type = "source", verbose = TRUE)
Installing package into ‘C:/Users/james.macadie/Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
system (cmd0): C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/bin/x64/R CMD INSTALL
Warning in install.packages :
package ‘C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz’ is not available (for R version 3.1.2)
我想我的活跃问题现在可以归结为：
- 读完上面的全部 post 谁能告诉我如何解决问题才能正常工作？或者，如果失败...
- 我可以做什么测试 运行 检查我是否确实正确安装了 Rtools？我在互联网上找到的所有内容都表明我这样做：
system('where make')等。但是，无法 运行evalCpp或其他 rccp 功能的证据表明我不这样做。 - 从源代码构建时我做错了什么？我应该尝试命令行选项吗？
编辑 v3
运行 evalCpp 与 showOutput= TRUE 和 verbose = TRUE 我想我已经将错误追溯到 R CMD SHLIB 不工作。我遵循了 this blog，它展示了如何直接使用命令行 R。然而，当我到达 R CMD SHLIB sequence_examples.c 行时，执行直接跳到下一个命令行，不做任何事情，在目录中生成任何文件或抛出任何错误。我在命令行尝试了 运行ning --help 选项，但得到了同样的错误：
C:\Users\james.macadie> R --help
Or: R CMD command args
where 'command' is one of:
INSTALL Install add-on packages
REMOVE Remove add-on packages
SHLIB Make a DLL for use with dynload
BATCH Run R in batch mode
build Build add-on packages
check Check add-on packages
Rprof Post process R profiling files
Rdconv Convert Rd format to various other formats
Rdiff difference R output files
Rd2pdf Convert Rd format to PDF
Rd2txt Convert Rd format to pretty text
Stangle Extract S/R code from vignette
Sweave Process vignette documentation
config Obtain configuration information about R
open Open a file via Windows file associations
texify Process a latex file
Use
R CMD command --help
for usage information for each command.
C:\Users\james.macadie> R CMD SHLIB --help
C:\Users\james.macadie>
N.B。对于那些阅读早期代码示例的人来说 post 自从那些代码快照以来我已经更改了一些东西：
- 我已经将 R 直接安装到 C:\R。它曾经位于 C:\Program Files\R\ 但正如建议的那样，带有空格的文件路径可能会导致问题
- 我在 C:\Rtools\ 下引用 Rtools 而不是 C:\RBuildTools\
一如既往地感谢您的任何建议
最后有点偏左。受到 following post 的启发，我查看了 ComSpec 环境变量。不太确定如何，但我将其设置为 "cmd.exe".
删除双引号，所以它说 cmd.exe，然后重新启动修复一切。
感谢所有试图提供帮助的人。
尝试安装 Twitter 的 BreakoutDetection（也是用 cpp 编写的）时遇到同样的死循环问题
通过执行以下
修复Sys.setenv(PATH="%PATH%;C:/Rtools/gcc-4.6.3/bin;c:/Rtools/bin")
然后在出现以下提示时回答 "no"：
"Install Build Tools Compiling C/C++ code for R requires installation of additional build tools. Do you want to install the additional tools now?"
没有独立尝试过这些操作，所以不确定自己是否可以解决问题
我发现确保所有这些都在我的路径中修复了它。我是在关闭 RStudio 的情况下完成的；之后我没有重启。
C:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\x64
C:\Program Files\R\R-3.1.3\bin
C:\RBuildTools.2\bin
C:\RBuildTools.2\gcc-4.6.3\bin64
C:\RBuildTools.2\gcc-4.6.3\bin
C:\RBuildTools.2\gcc-4.6.3\i686-w64-mingw32\bin
这些在我的 Win7-64 位电脑上。 YMMV，我发布此内容主要是为了确保其他人在遇到相同问题时能够看到。
我遇到了同样的问题，我通过将 Rtools 目录添加到环境变量中解决了这个问题：
Sys.setenv(BINPREF = "C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")