如何在 PCoA 结果中画圆圈？

Question

我有所有样本的 PC1 和 PC2 结果，因此我可以使用 PC1 作为 x 和 PC2 作为 y 绘制散点图。

现在样本由另一个变量标记，假设 type 表示哪个样本是病例或对照。如何绘制如上图，圆圈覆盖响应 type.

实际上，我正在使用 vegan 包。我可以用 metaMDS 和 ordiplot 画图，但不知道如何像上面那样画圆。我已经尝试阅读教程，但仍然不知道。

Answer 1

我用 ade4 画了这个。

xy <- cbind.data.frame(x = runif(200, -1, 1), y = runif(200, -1, 1))
posi <- factor(xy$x > 0) : factor(xy$y > 0)
coul <- c("black", "red", "green", "blue")

library(ade4)
pca <- princomp(xy)
s.class(pca$scores[, 1:2], fac = posi, cell = 2, axesell = FALSE, csta = 0, col = coul, clabel = FALSE)

如何在 PCoA 结果中画圆圈？

How to draw circle in PCoA results?

r

vegan