"metaMDS" PCoA 和 NMDS 都能做吗？
"metaMDS" can do both PCoA and NMDS?
我正在学习如何做 PCoA，但是当我测试 metaMDS 时，结果不同。
NMDS<-metaMDS(eurodist)
plot(NMDS)
NMDS<-metaMDS(as.dist(eurodist))
plot(NMDS$points)
http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:pcoa_nmds 这是我学到的地方。
我认为 MDS 适用于 PCoA，而 NMDS 不是，上述示例均值 metaMDS 可以同时执行 MDS 和 NMDS?
您的第一个问题是 plot(NMDS$points) 没有正确创建绘图；您必须 以等轴缩放或纵横比为 1 绘制绘图。如果您手动正确绘制绘图，则没有区别：
layout(matrix(1:2, ncol = 2))
plot(metaMDS(eurodist)$points, asp = 1, main = "aps = 1")
plot(metaMDS(eurodist), main = "plot.metaMDS")
layout(1)
我们为 scores 和 plot 等内容提供 S3 方法是有充分理由的，因此您无需记住细节。如果您离开滑雪道，您确实需要了解细节。
现在应该可以回答您的主要问题了； 不 metaMDS() 不 *主坐标分析。如果要主坐标分析，请参见?capscale。
我正在学习如何做 PCoA，但是当我测试 metaMDS 时，结果不同。
NMDS<-metaMDS(eurodist)
plot(NMDS)
NMDS<-metaMDS(as.dist(eurodist))
plot(NMDS$points)
http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:pcoa_nmds 这是我学到的地方。
我认为 MDS 适用于 PCoA，而 NMDS 不是，上述示例均值 metaMDS 可以同时执行 MDS 和 NMDS?
您的第一个问题是 plot(NMDS$points) 没有正确创建绘图；您必须 以等轴缩放或纵横比为 1 绘制绘图。如果您手动正确绘制绘图，则没有区别：
layout(matrix(1:2, ncol = 2))
plot(metaMDS(eurodist)$points, asp = 1, main = "aps = 1")
plot(metaMDS(eurodist), main = "plot.metaMDS")
layout(1)
我们为 scores 和 plot 等内容提供 S3 方法是有充分理由的，因此您无需记住细节。如果您离开滑雪道，您确实需要了解细节。
现在应该可以回答您的主要问题了； 不 metaMDS() 不 *主坐标分析。如果要主坐标分析，请参见?capscale。