为什么它是 "incorrect (no strata)" in adonis？

Question

我正在学习如何做PERMANOVA，当我从示例开始时，这确实是一个挑战。以下代码来自 adonis 中的帮助页面。我可以通过示例，但无法弄清楚为什么它是 incorrect (no strata)？这是否意味着我必须获得分层数据才能使用 adonis？

data(dune)
data(dune.env)

### Example of use with strata, for nested (e.g., block) designs.
dat <- expand.grid(rep=gl(2,1), NO3=factor(c(0,10)),field=gl(3,1) )
Agropyron <- with(dat, as.numeric(field) + as.numeric(NO3)+2) +rnorm(12)/2
Schizachyrium <- with(dat, as.numeric(field)-as.numeric(NO3)+2) +rnorm(12)/2
Y <- data.frame(Agropyron, Schizachyrium)
mod <- metaMDS(Y)
plot(mod)

### Hulls show treatment
with(dat, ordihull(mod, group=NO3, show="0"))
with(dat, ordihull(mod, group=NO3, show="10", col=3))

### Spider shows fields
with(dat, ordispider(mod, group=field, lty=3, col="red"))

### Correct hypothesis test (with strata)
adonis(Y ~ NO3, data=dat, strata=dat$field, perm=999)

### Incorrect (no strata)
adonis(Y ~ NO3, data=dat, perm=999)

Answer 1

在PERMANOVA中，PER位代表排列测试。仅当您将在研究的实验设计下真正可交换的样本洗牌时，排列测试才有效。在这种情况下，该示例使用分组研究，因此如果您在 strata 的水平内内排列样本，则排列测试仅有效] 并且从不在 strata.

之间

评论Incorrect (no strata)就是这个意思；这些数据的无限制排列测试不正确。

为什么它是 "incorrect (no strata)" in adonis？

why it is "incorrect (no strata)" in adonis?

r

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