如何在将多个列值粘贴在一起时省略 NA 值？

Question

我有一个包含数百列的数据框 dd2，我需要做的是将所有这些列值粘贴在一起并省略任何 NA 值。如果我这样做

apply(dd2, 1, paste, collapse=",")

它实际上包括 NAs 作为 "NA" 字符串。我想避免这种情况。我也可以如下所示进行操作，但这需要我一次处理每个单独的列以获得结果。

result <- cbind(    
    dd2, 
    combination = paste(dd2[,2], replace(dd2[,3], is.na(dd2[,3]), ""), sep = ",")
)

有什么有效的方法吗？这是示例数据：

dd2 <- structure(c("A", "B", "C", "D", "E", "AK2", "HFM1", NA, "TRR", 
"RTT", NA, "PPT", "TRR", "RTT", NA, "PPT", NA, NA, "GGT", NA), .Dim = c(5L, 
4L), .Dimnames = list(NULL, c("sample_id", "plant", "animal", 
"more")))

Answer 1

您可以尝试 na.omit() 省略值，然后粘贴。此外，您可以使用 toString()，因为它相当于 paste(..., collapse = ", ").

apply(dd2, 1, function(x) toString(na.omit(x)))
# [1] "A, AK2, PPT"      "B, HFM1, PPT"     "C, TRR"          
# [4] "D, TRR, RTT, GGT" "E, RTT"

如果您有正在使用的特定列，那么

apply(dd2[, cols], 1, function(x) toString(na.omit(x)))

Answer 2

dd2 是一个矩阵，在这种情况下，使用 @Rich Scriven 建议的 apply 更合适。如果它是一个数据框，你可以使用 tidyr::unite

dd2 <- data.frame(dd2)
tidyr::unite(dd2, result, plant, animal, more, na.rm = TRUE, sep = ',')

#  sample_id      result
#1         A     AK2,PPT
#2         B    HFM1,PPT
#3         C         TRR
#4         D TRR,RTT,GGT
#5         E         RTT

要合并所有列，您可以使用 everything()。

tidyr::unite(dd2, result, dplyr::everything(), na.rm = TRUE, sep = ',')

#         result
#1     A,AK2,PPT
#2    B,HFM1,PPT
#3         C,TRR
#4 D,TRR,RTT,GGT
#5         E,RTT

如何在将多个列值粘贴在一起时省略 NA 值？

How to omit NA values while pasting numerous column values together?

r

na