如何获得将顶点转换为顶点类别的新图？

Question

我不知道如何表述这个问题，这让我很难找到解决方案。

我在 igraph 中有一张人物及其关系图。我在数据框中也有这个人的位置。

> # graph.id is their id in the graph
> people
    user.name   graph.id    location.cell
1   perez       654         54
2   garcia      123         54
3   fernandez   771         32
4   rodriguez   11          81

我的图表通过 graph.id:

连接用户

user 654 <-> user 11
user 123 <-> user 11

我想要一个新的区域图表，

cell 54 <- weight 2-> cell 81

(there are two connections between cells 54 and 81, 
 one between users 11 and 654, 
 and another between users 11 and 123,
 so weight=2)

我如何在 R 中执行此操作（我使用的是 igraph）？我已经尝试了几次，遍历了图中的边缘，但我最终得到了太多的代码，这些代码的速度和维护速度都无法令人接受，而且它看起来不像是一个应该很难的问题（我想用我更习惯的语言做这种事情不会有任何问题）。

非常感谢。

Answer 1

您可以使用 igraph 中的 graph.data.frame 函数执行此操作，根据与当前图形中每条边关联的区域创建新图形。

首先，这是您描述的设置：

# 654 <-> 11; 123 <-> 11; 123 <-> 771
library(igraph)
g <- graph.data.frame(cbind(c(654, 123, 123), c(11, 11, 771)))
people <- data.frame(graph.id=c(654, 123, 771, 11), location.cell=c(54, 54, 32, 81))

现在您可以将每个顶点的位置存储在 g 中，并使用该顶点属性获取每个边端点的位置：

V(g)$location <- people$location.cell[match(V(g)$name, people$graph.id)]
g2 <- graph.data.frame(cbind(V(g)$location[get.edges(g, E(g))[,1]],
                             V(g)$location[get.edges(g, E(g))[,2]]), directed=F)
E(g2)
# str(g2)
# IGRAPH UN-- 3 3 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edges (vertex names):
# [1] 54--81 54--81 54--32

要将多条边转换为具有更高权重的单条边，可以使用simplify:

E(g2)$weight <- 1
g2 <- simplify(g2)
str(g2)
# IGRAPH UNW- 3 2 -- 
# + attr: name (v/c), weight (e/n)
# + edges (vertex names):
# [1] 54--81 54--32
E(g2)$weight
# [1] 2 1

如何获得将顶点转换为顶点类别的新图？

How can I get a new graph translating the vertices to categories of vertices?

r

igraph