提取树状图或簇中节点的层次结构

Question

我想提取树状图或簇的节点的层次结构。

例如在下一个例子中：

library(dendextend)
dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram
dend15 %>% plot

节点根据它们在树状图中的位置进行分类（见下图）

（图摘自 dendextend 包的教程）

我想获取每个最终叶子的所有节点作为下一个输出：（标签从左到右，从下到上排列）

        hierarchical structure
leaf_1: 3-2-1
leaf_2: 4-2-1
leaf_3: 6-5-1
leaf_4: 8-7-5-1
leaf_5: 9-7-5-1

提前致谢，

Answer 1

首先我找到所有使用节点的子树（即结构）。在您的示例中，将有 9 个节点。

subtrees <- partition_leaves(dend15)
leaves <- subtrees[[1]]   # assume top node is used by all subtrees

我制作了一个辅助函数来为每片叶子寻找路线，并将其应用于所有叶子。

pathRoutes <- function(leaf) {
  which(sapply(subtrees, function(x) leaf %in% x))
}

paths <- lapply(leaves, pathRoutes)

列表形式的原始输出，其中每个列表元素是结束节点/叶的结构

> paths
[[1]]
[1] 1 2 3

[[2]]
[1] 1 2 4

[[3]]
[1] 1 5 6

[[4]]
[1] 1 5 7 8

[[5]]
[1] 1 5 7 9

Extract the hierarchical structure of the nodes in a dendrogram or cluster