如何使用存储在列表中的字符串使用 python 包 ete2 创建树？

Question

我正在尝试使用 python 包 ete2 从我的元胞自动机模型输出的合成数据制作系统发育树。数据由列为 (parent, child) 的对组成，其中每个成员都是代表突变事件的唯一整数。我已将这对中的每个成员重铸为字符串，并在它们前面加上 'r'，所以现在：

('r1' ,'r2') 表示一个叫做 'r1' 的 parent 产生一个叫做 'r2' 的 child。所以输出文件看起来像：

[['r1' 'r2']
 ['r1' 'r3']
 ['r1' 'r4']
 ['r1' 'r5']
 ['r1' 'r6']
 ['r1' 'r7']
 ['r1' 'r8']
 ['r1' 'r9']
 ['r2' 'r10']
 ['r1' 'r11']
 ['r1' 'r12']
 ['r8' 'r13']
 ['r1' 'r14']
 ['r4' 'r15']
 ['r1' 'r16']
 ['r1' 'r17']
 ['r1' 'r18']
 ['r1' 'r19']]

我想遍历列表以使用 'add_child' 生成树，但不断出现错误。我当前的代码是：

t = Tree() # Creates an empty tree
r1 = t.add_child(name="r1")

for row in range(0, len(pairs_list)):
    a = str(pairs_list[row,1])
    b = str(pairs_list[row,0])
    a = b.add_child(name = a)

我收到错误：

Traceback (most recent call last):
  File "treetest.py", line 33, in <module>
    a = b.add_child(name = a)
AttributeError: 'str' object has no attribute 'add_child'

如果我将代码最后一行中的 'b' 替换为 r1（或其他内容），它可以找到，但当然这并不代表数据...在此先感谢 universe .

Answer 1

像这样：

t = Tree() # Creates an empty tree
r1 = t.add_child(name="r1")
lookup = {"r1": r1}

def sort_pairs(pair):
    # Extract integer after "r".
    return int(pair[0][1:])

for pair in sorted(pairs_list, key=sort_pairs):
    parentname = pair[0]
    childname = pair[1]
    if childname not in lookup:
        if parentname in lookup:
            # Add child.
            newchild = lookup[parentname].add_child(name = childname)
            lookup.add(childname, newchild)
        else:
            raise RuntimeError('Must not happen.')

如何使用存储在列表中的字符串使用 python 包 ete2 创建树？

How can I create a tree using the python package ete2 using strings stored in a list?

python

tree

etetoolkit