创建不同格式的物种积累曲线

Question

我目前正在处理一个如下所示的数据框：

    data.frame(Plot_ID=c(1,1,1,1,1,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,4,4,4),
               Species=c("a","a","a","b","b","c","c","b","b","b","b","d","d","d","e","e","e","e","a","a","a")
               DBH=c(12,32,44,11,14,66,43,22,88,22,23,45,354,6,7,45,12,11,5,6,8))

DBH只是物种的直径。我想要创建的是一个物种积累曲线，但是 packet specaccum 只允许不同的格式，如下所示：

data.frame (Spec1=c(1,0,2,3),Spec2=c(0,0,0,4),Spec3=c(1,1,2,3))

我的数据有 3000 多行，有一百多种，因此很难相应地重新格式化数据。有没有办法轻松地重新格式化数据，或者像使用不同的包一样使用数据？

Answer 1

好吧，过了一会儿，我想起了 LibreOffice 的 pivot-table，您可以在其中精确地格式化数据，以在列中包含物种，在一行中绘制每个图，并在它们之间添加总和。

为此，创建一个仅包含数字 1 的第 3 列，您的数据应如下所示：

d1<-data.frame(Plot_ID=c(1,1,2,2,3,3), 
               Species=c("a","b","a","c","d","c"), 
               Count=c(1,1,1,1,1,1))

使用

将数据框导出为 .csv 文件

write.table(d1, "~/path/of/desire/d1.csv")

导入 csv。 table 在 Libreoffice 中使用 space 作为分隔符。删除第一列，因为它是内部 R-ID 并移动标题。

标记您的数据并转到数据->Pivot-table，select标记的数据并单击确定。

你会看到这样的东西

Loai.cay 是这里的物种。将 Species 拖到 column-cields，将 Plot_ID 拖到 row-fields，将 Count 拖到 data-fields，如图所示。按确定并将结果复制到额外的 table 中。按 CTRL+SHIFT+S 和 select 另存为 .csv 文件。在 R 中导入 csv-file 并使用函数描述中描述的 specaccum 函数。

希望这对我以外的其他人有所帮助。

创建不同格式的物种积累曲线

Creating a species Accumulation Curve with different format

formatting

r

dataframe

vegan