ELKI OPTICS 预计算距离矩阵
ELKI OPTICS pre-computed distance matrix
我似乎无法让这个算法在我的数据集上运行，所以我使用了非常小的数据子集并试图让它运行，但这也没有用。
我想将一个预先计算的距离矩阵输入到 ELKI，然后让它找到我的点的可达距离列表，但我得到的所有点的可达距离都是 0。
ID=1 reachdist=Infinity predecessor=1
ID=2 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=4 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=3 reachdist=0.0 predecessor=1
我的 ELKI 参数如下：
运行: -dbc DBIDRangeDatabaseConnection -idgen.start 1 -idgen.count 4 -算法 clustering.optics.OPTICSList -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix /Users/jperrie/Documents/testfile.txt -optics.epsilon 1.0 -optics.minpts 2 -resulthandler ResultWriter -out /Applications/elki-0.7.0/elkioutputtest
我使用 DBIDRangeDatabaseConnection 而不是输入文件来创建索引 1 到 4，并传入具有以下格式的距离矩阵，其中每行有 2 个索引和一个距离。
1 2 0.0895585119724274
1 3 0.19458931684494
2 3 0.196315720677376
1 4 0.137940123677254
2 4 0.135852232575417
3 4 0.141511023044586
如能指出我出错的地方，我们将不胜感激。
当我将您的距离矩阵更改为从 0 开始计数时，它似乎起作用了：
ID=0 reachdist=Infinity predecessor=-2147483648
ID=1 reachdist=0.0895585119724274 predecessor=-2147483648
ID=3 reachdist=0.135852232575417 predecessor=1
ID=2 reachdist=0.141511023044586 predecessor=3
也许您应该提交错误报告 - 对我来说，这似乎是一个错误。此外，predecessor=-2147483648 可能应该是 predecessor=None 或类似的东西。
这是由于最近的更改，文档中可能尚未正确显示。
当您在MiniGUI 中进行多次调用时，ELKI 会分配新的对象DBID。因此，如果您有一个包含 100 个对象的数据集，第一个 运行 将使用 0-99，第二个 100-199，第三个 200-299 等等 - 这可能是理想的（如果您考虑更长的 运行ning 进程，您希望对象 ID 是唯一的），但它也可能是令人惊讶的行为。
然而，这使得预先计算的距离矩阵真的很难使用；特别是真实数据。因此，这些 类 被更改为使用 offsets。所以现在距离矩阵的格式是
DBIDoffset1 DBIDoffset2 distance
其中偏移量 0 = 开始 + 0 是 第一个 对象。
当我回到办公室时（不要忘记），我将 1. 更新文档以反映这一点，提供 2. 偏移参数，以便您可以从 1 开始继续计数， 3. make默认距离 "NaN" 或 "infinity"，以及 4. 如果您有 100 个对象，则添加完整性检查以发出警告，但距离是针对对象 1-100 而不是 0-99 给出的。
我似乎无法让这个算法在我的数据集上运行，所以我使用了非常小的数据子集并试图让它运行，但这也没有用。
我想将一个预先计算的距离矩阵输入到 ELKI，然后让它找到我的点的可达距离列表，但我得到的所有点的可达距离都是 0。
ID=1 reachdist=Infinity predecessor=1
ID=2 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=4 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=3 reachdist=0.0 predecessor=1
我的 ELKI 参数如下：
运行: -dbc DBIDRangeDatabaseConnection -idgen.start 1 -idgen.count 4 -算法 clustering.optics.OPTICSList -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix /Users/jperrie/Documents/testfile.txt -optics.epsilon 1.0 -optics.minpts 2 -resulthandler ResultWriter -out /Applications/elki-0.7.0/elkioutputtest
我使用 DBIDRangeDatabaseConnection 而不是输入文件来创建索引 1 到 4，并传入具有以下格式的距离矩阵，其中每行有 2 个索引和一个距离。
1 2 0.0895585119724274
1 3 0.19458931684494
2 3 0.196315720677376
1 4 0.137940123677254
2 4 0.135852232575417
3 4 0.141511023044586
如能指出我出错的地方，我们将不胜感激。
当我将您的距离矩阵更改为从 0 开始计数时，它似乎起作用了：
ID=0 reachdist=Infinity predecessor=-2147483648
ID=1 reachdist=0.0895585119724274 predecessor=-2147483648
ID=3 reachdist=0.135852232575417 predecessor=1
ID=2 reachdist=0.141511023044586 predecessor=3
也许您应该提交错误报告 - 对我来说，这似乎是一个错误。此外，predecessor=-2147483648 可能应该是 predecessor=None 或类似的东西。
这是由于最近的更改，文档中可能尚未正确显示。
当您在MiniGUI 中进行多次调用时，ELKI 会分配新的对象DBID。因此，如果您有一个包含 100 个对象的数据集，第一个 运行 将使用 0-99，第二个 100-199，第三个 200-299 等等 - 这可能是理想的（如果您考虑更长的 运行ning 进程，您希望对象 ID 是唯一的），但它也可能是令人惊讶的行为。
然而，这使得预先计算的距离矩阵真的很难使用；特别是真实数据。因此，这些 类 被更改为使用 offsets。所以现在距离矩阵的格式是
DBIDoffset1 DBIDoffset2 distance
其中偏移量 0 = 开始 + 0 是 第一个 对象。
当我回到办公室时（不要忘记），我将 1. 更新文档以反映这一点，提供 2. 偏移参数，以便您可以从 1 开始继续计数， 3. make默认距离 "NaN" 或 "infinity"，以及 4. 如果您有 100 个对象，则添加完整性检查以发出警告，但距离是针对对象 1-100 而不是 0-99 给出的。