使用 dplyr 对热图进行排序

Question

我正在构建一个交互式热图 Shiny 应用程序，并希望 select 列从下拉菜单中排序（例如：排序 "mpg" 或 "wt" 在 mtcars 从低到高）。我正在使用 d3heatmap 包实现热图，并希望使用 dplyr 来缩短数据帧的反应性。运行代码时出现以下错误：

Error in eval(substitute(expr), envir, enclos) : invalid subscript type 'closure'

我也尝试过使用 reactiveValues 而不是 reactive 并将代码作为注释包含在内。使用 reactiveValues 方法我得到以下错误：

Warning: Unhandled error in observer: invalid subscript type 'closure'

如果能帮助热图排序正常工作，我们将不胜感激！

app.R

library(ggplot2)
library(d3heatmap)
library(dplyr)
library(shiny)

## ui.R
ui <- fluidPage(
  sidebarPanel(
    h5(strong("Dendrogram:")),
    checkboxInput("cluster_row", "Cluster Rows", value=FALSE),
    checkboxInput("cluster_col", "Cluster Columns", value=FALSE),
    selectInput("sort", "Sort By:", c(names(mtcars),"none"), selected="mpg")
  ),
  mainPanel(
    h4("Heatmap"),
    d3heatmapOutput("heatmap", width = "100%", height="600px") ##
  )
)

## server.R
server <- function(input, output) {

#   values <- reactiveValues(df=mtcars)
#   
#   observe({
#     if(input$sort != "none"){
#       values$df <- arrange(mtcars, input$sort)
#     }else{
#       values$df <- mtcars
#     }
#   })

  df_sort <- reactive({
    df <- mtcars
    if(input$sort != "none"){
      df <- arrange(mtcars, input$sort)
    }else{
      df <- mtcars
    }
  })

  output$heatmap <- renderD3heatmap({
    d3heatmap(df_sort(),
      colors = "Blues",
      if (input$cluster_row) RowV = TRUE else FALSE,
      if (input$cluster_col) ColV = TRUE else FALSE,
      yaxis_font_size = "7px"
    ) 
  })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

Answer 1

input$sort 正在作为字符串传递，因此您需要使用 arrange_（请参阅 vignette on NSE）。

以下应该可以解决问题：

server <- function(input, output) {
  df_sort <- reactive({
    df <- if(input$sort=='none') mtcars else arrange_(mtcars, input$sort)
  })
  output$heatmap <- renderD3heatmap({
    d3heatmap(
      df_sort(),
      colors = "Blues",
      RowV <- if(input$cluster_row) TRUE else FALSE,
      ColV <- if(input$cluster_col) TRUE else FALSE,
      yaxis_font_size = "7px"
    )
  })
}

ui <- fluidPage(
  sidebarPanel(
    h5(strong("Dendrogram:")),
    checkboxInput("cluster_row", "Cluster Rows", value=FALSE),
    checkboxInput("cluster_col", "Cluster Columns", value=FALSE),
    selectInput("sort", "Sort By:", c(names(mtcars),"none"), selected="mpg")
  ),
  mainPanel(
    h4("Heatmap"),
    d3heatmapOutput("heatmap", width = "100%", height="600px") ##
  )
)

使用 dplyr 对热图进行排序

Sort Heatmap with dplyr

r

shiny

dplyr

d3heatmap