在 NetLogo 打开时释放由 NetLogo 创建的文件

Question

最终我想使用 RNetLogo 将 NetLogo 网络传递给 R，以便 R 可以使用 igraph 和 keyplayer 或 influenceR 包进行一些网络分析，然后将结果传回 NetLogo。我目前运行分别使用 NetLogo 和 R，以便我可以确保我的 R 代码在将其转换为 RNetLogo 所需的格式之前可以正常工作。

我正在 NetLogo 中创建网络并传递给 igraph，但 igraph 在图形格式方面喜怒无常。传输的最佳格式似乎是 gml，但用于保存 gml 的 NetLogo 网络扩展不满足 igraph 要求。

我写了一个简单的gml导出。看起来像：

to export-simple-gml
  carefully [ file-delete "temp.gml" ] [ ]
  file-open "temp.gml"
  file-print "graph" file-print "["
  file-print "  directed 0"
  ask turtles
  [ file-print "  node" file-print "  ["
    file-type "    id " file-print who
    file-print "  ]"
  ]
  ask links
  [ let source one-of both-ends
    let target [other-end] of source
    file-print "  edge" file-print "  ["
    file-type "    source " file-print [who] of source
    file-type "    target " file-print [who] of target
    file-print "  ]"
  ]
  file-print "]"
  file-close
end

R导入代码非常简单：

library(igraph)
gg <- read_graph(file = "temp.gml", format = "gml")

如果我在运行 NetLogo 函数时关闭 R，这一切都有效，然后关闭 NetLogo 并打开 R 进行导入。但是，如果我在之前测试导入后打开 R，它将失败。如果我没有关闭 NetLogo，则导入失败。如果我在从 NetLogo 导出时打开了 R，则会附加导出文本而不是替换文件。

NetLogo 有没有办法强制释放文件？或者，R 是否有任何方法可以覆盖 NetLogo 对（已关闭但未发布的）文件的控制？

Answer 1

我试图重现这个问题，但没有成功。我正在使用

NetLogo 5.3 (Mac OS X)
R 3.2.3
igraph 1.0.1

我还尝试使用 R 编写和读取 CSV read.csv。我无法复制您描述的确切问题。您是否有可能在除此过程之外的任何地方打开文件？您的上述任何版本是否不同？

我注意到的一件事是，当文件原始错误时，文件保持打开状态，这可能导致上述过程写入无效的 gml 文件。我建议在该函数的顶部调用 file-close 或 file-close-all，就像您对 file-delete.

所做的那样

在 NetLogo 打开时释放由 NetLogo 创建的文件

Release a file created by NetLogo while NetLogo open

r

igraph

netlogo