根据子串拆分配对样本

Question

我有两组配对样本，可以通过前两个字母分开。我想根据配对使用 [tn][abc].

之类的东西进行分组

Example of paired samples:
nb-008  ta-008
na015   ta-015

数据：

    > colnames(data)
      "nb-008"  "nb-014"  "na015"   "na-018"  "ta-008"   "tc-014"  "ta-015"  "ta-018"  

  patient <- factor(sapply(str_split(colnames(data), '[tn][abc]'), function(x) x[[1]]))

Answer 1

我们可以用 sub 创建一个分组变量。我们从字符串 (^) 的开头匹配 2 个字符 (..) 的模式，然后是 -（如果存在），然后是一个或多个字符 (.*) 我们将其捕获为一个组（在括号内），并替换为反向引用 (\1)。这可用于 split 列名。

split(colnames(data), sub('^..-?(.*)', '\1', colnames(data))))
#$`008`
#[1] "nb-008" "ta-008"

#$`014`
#[1] "nb-014" "tc-014"

#$`015`
#[1] "na015"  "ta-015"

#$`018`
#[1] "na-018" "ta-018"

数据

 v1 <- c("nb-008",  "nb-014",  "na015",   "na-018",  
            "ta-008",   "tc-014",  "ta-015", "ta-018" ) 
set.seed(24)
data <- setNames(as.data.frame(matrix(sample(0:8, 8*5, 
               replace=TRUE), ncol=8)), v1)

根据子串拆分配对样本

split paired samples based on substring

r

substring

stringr

数据