对齐的 TabularMSA 替代品（scikit-bio 0.4.1.dev0）
TabularMSA replacement for Alignment (scikit-bio 0.4.1.dev0)
我想读取 PHYLIP 比对（FASTA 格式），更新序列标签并将结果写回文件。如何编辑以下行以在 scikit-bio 0.4.1.dev0 中使用 TabularMSA（而不是之前支持的 Alignment）：
from skbio import Alignment
...
msa_fa = Alignment.read(gene_msa_fa_fp, format='fasta')
msa_fa_update_ids, new_to_old_ids = msa_fa.update_ids(func=id_mapper)
msa_fa_update_ids.write(output_msa_phy_fp, format='phylip')
...
谢谢！
当将 FASTA 文件读入 TabularMSA 对象时，序列标识符存储在每个序列的 metadata 字典中的键 "id" 下。当写PHYLIP格式的TabularMSA对象时，MSA的index属性用于标记序列。使用reassign_index使用FASTA序列标识符作为MSA的索引，然后将它们映射到您要写入的序列标签，最后以PHYLIP格式写出：
from skbio import TabularMSA, DNA
msa = TabularMSA.read("aln.fasta", constructor=DNA)
msa.reassign_index(minter='id')
msa.reassign_index(mapping=id_mapper)
msa.write('aln.phy', format='phylip')
有多种设置索引的方法，包括直接设置 属性 或使用带有 mapping 或 minter 参数的 reassign_index。
我想读取 PHYLIP 比对（FASTA 格式），更新序列标签并将结果写回文件。如何编辑以下行以在 scikit-bio 0.4.1.dev0 中使用 TabularMSA（而不是之前支持的 Alignment）：
from skbio import Alignment
...
msa_fa = Alignment.read(gene_msa_fa_fp, format='fasta')
msa_fa_update_ids, new_to_old_ids = msa_fa.update_ids(func=id_mapper)
msa_fa_update_ids.write(output_msa_phy_fp, format='phylip')
...
谢谢！
当将 FASTA 文件读入 TabularMSA 对象时，序列标识符存储在每个序列的 metadata 字典中的键 "id" 下。当写PHYLIP格式的TabularMSA对象时，MSA的index属性用于标记序列。使用reassign_index使用FASTA序列标识符作为MSA的索引，然后将它们映射到您要写入的序列标签，最后以PHYLIP格式写出：
from skbio import TabularMSA, DNA
msa = TabularMSA.read("aln.fasta", constructor=DNA)
msa.reassign_index(minter='id')
msa.reassign_index(mapping=id_mapper)
msa.write('aln.phy', format='phylip')
有多种设置索引的方法，包括直接设置 属性 或使用带有 mapping 或 minter 参数的 reassign_index。