R，GenomicRanges：找到重叠基因组范围的宽度

Question

给定两个 GenomicRanges，例如：

library(GenomicRanges)

gr1 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("1","1","2","2"),
      start = c(10,50,10,50),
      end = c(20,60,20,60)
    )
  )

gr2 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("2","2","3","3"),
      start = c(15,40,10,50),
      end = c(25,55,20,60)
    )
  )

我需要找到重叠段的重叠大小（宽度）。在我的例子中，这将是 5（对于 gr1[3] 和 gr21) and 5 (for gr[4] and gr2[2]). The solution given here 在命中 class 上使用 ranges() 不适合 GenomicRanges class（看起来）：

mm <- findOverlaps(gr1,gr2)
ranges(mm,gr1,gr2)

Error in .local(x, ...) : 'query' must be a Ranges of length equal to number of queries

人们希望 GenomicRanges::subsetByOverlaps() 有一个参数，字面上的切片和 return 重叠。

更新（见下文）：解决方案在包本身，GenomicRanges::intersect()，所以：

width(intersect(gr1, gr2))

Answer 1

GenomicRanges 包似乎有一个特定的功能，intersect()。所以解决方法很简单：

width(intersect(gr1, gr2))

[1] 6 6

（正确）

R，GenomicRanges：找到重叠基因组范围的宽度

R, GenomicRanges: find the width of overlapping genomic ranges

r

overlap

bioconductor