从文本文件写入文本文件 python

Question

我有 3 个输出文件，分别包含 x、y、z 坐标

file1.txt（仅包含 x）|文件 2 (Y) |文件 3 (Z)

2.113
3.023
-7.234
...

和包含坐标数据的父 pdb 文件。我只想从 pdb 文件中提取与 file1、file2 中的 x、y、z 坐标匹配的那些行，file3.The pdb 文件行是；

原子 1 O5' G A 93 -12.706 19.299 0.129 1.00 0.00 O

粗体值将是我复制整行的匹配条件。

1- 我如何合并三个输出文件以生成一个文件，该文件可以在一行中提供 x、y、z 坐标以与我的脚本一起使用。

final_file = [文件 1, 文件 2, 文件 3] ?

2- 我如何根据匹配标准提取分数；

def read_convex_points(final_file,parent_pdb):
    with open("output.txt","w") as f1:
        with open(final_file) as f2:
            with open(parent_pdb) as f3:
                for line1 in f2:
                    for line2 in f3: 
                        if line1 in line2:
                            f1.write(line2)
    return               

final_file = "file1.txt"
parent_pdb = "original.pdb"
read_convex_points(final_file,parent_pdb)

我写了类似的功能，但如果条件不起作用。

Answer 1

您可以像这样合并文件：

def merge(paths):
    with open(paths[0]) as f1, open(paths[1]) as f2, open(paths[2]) as f3:
        try:
            yield next(f1), next(f2), next(f3)
        except StopIteration:
            return

for x, y, z in merge((file1, file2, file3)):
    # check if matching

需要注意的是，这是假设文件长度相等，因此它会在遇到最短文件时停止。这可能是可以接受的。

Answer 2

这是将 Python 中的多个文件粘贴在一起的一种方法。它可以处理任意数量的输入文件，但就像 Peter 的解决方案一样，如果文件的行数不同，它会在最短的文件用完行时停止。

输出文件中的字段由 delimiter 字符串分隔，默认情况下为 space。

def paste(sources, dest, delimiter=' '):
    fsrc = [open(fname, 'r') for fname in sources]
    fdest = open(dest, 'w')
    for t in zip(*fsrc):
        outline = delimiter.join([line.strip() for line in t]) + '\n'
        fdest.write(outline)
    for f in fsrc:
        f.close()
    fdest.close()


paste(('file1', 'file2', 'file3'), 'final_file')

从文本文件写入文本文件 python

write text file from text files python

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