重新编码 mice mids 对象
recode mice mids object
我有一个从 mice
创建的 mids
对象。我想重新编码一些估算变量并保留 mids
对象。我知道我可以使用 complete()
将 mids
对象转换为 "long",但我想保留 mids
对象,因为它有一些额外的用途。
这是一个使用 nhanes
数据集的示例。 运行 mice()
为 nhanes
中的变量创建 5 个估算数据集。我正在关注 hyp
。
library(mice)
names(nhanes)
nhanes$hyp
#[1] NA 1 1 NA 1 NA 1 1 1 NA NA NA 1 2 1 NA 2 2 1 2 NA 1 1 1
imp <- mice(nhanes, print = FALSE)
imp$imp$hyp
# 1 2 3 4 5
# 1 1 1 1 1 1
# 4 2 1 1 2 2
# 6 1 1 1 1 1
# 10 1 1 1 1 1
# 11 1 1 2 1 1
# 12 1 1 1 1 2
# 16 1 1 2 1 1
# 21 1 1 2 1 1
如何重新编码 mids
对象 imp
中的估算 hyp
值(例如,1 变为 5)。
到目前为止,我唯一的想法是将 imp
转换为 long,将感兴趣的变量提取到新数据帧中,重新编码,通过 as.mids
转换新数据帧,然后放回 [=24] =] 通过 cbind.mids()
.
imp_long <- complete(imp, "long", include=T)
hyp <- imp_long[, "hyp"]
hyp2 <- hyp
hyp2[hyp2==1] <- 5
hyp4mids <- data.frame(.imp = rep(0:5, each = nrow(nhanes)),
.id = rep(1:nrow(nhanes), times = 6),
hyp2,
TMP = NA)
hyp4mids <- as.mids(hyp4mids, .imp = 1, .id = 2)
hyp4mids$chainMean <- hyp4mids$chainVar <- array(NA, dim = c(2, 25, 5),
dimnames = list(
c("hyp2", "TMP"),
1:25,
paste0("Chain ", 1:5)))
imp2 <- cbind.mids(imp, hyp4mids)
imp2$imp$hyp2
# 1 2 3 4 5
# 1 5 5 5 5 5
# 4 2 5 5 2 2
# 6 5 5 5 5 5
# 10 5 5 5 5 5
# 11 5 5 2 5 5
# 12 5 5 5 5 2
# 16 5 5 2 5 5
# 21 5 5 2 5 5
有效,但我想我应该可以直接修改 imp
mids 对象中的 hyp
。
看来技巧是修改$data和$imp:
imp <- mice(nhanes, print = FALSE)
l1 <- complete(imp, "long")
table(l1$hyp)
# 1 2
#92 33
imp$data$hyp[imp$data$hyp==1] <- 5
imp$imp$hyp[imp$imp$hyp==1] <- 5
l2 <- complete(imp, "long")
table(l2$hyp)
# 2 5
#33 92
我有一个从 mice
创建的 mids
对象。我想重新编码一些估算变量并保留 mids
对象。我知道我可以使用 complete()
将 mids
对象转换为 "long",但我想保留 mids
对象,因为它有一些额外的用途。
这是一个使用 nhanes
数据集的示例。 运行 mice()
为 nhanes
中的变量创建 5 个估算数据集。我正在关注 hyp
。
library(mice)
names(nhanes)
nhanes$hyp
#[1] NA 1 1 NA 1 NA 1 1 1 NA NA NA 1 2 1 NA 2 2 1 2 NA 1 1 1
imp <- mice(nhanes, print = FALSE)
imp$imp$hyp
# 1 2 3 4 5
# 1 1 1 1 1 1
# 4 2 1 1 2 2
# 6 1 1 1 1 1
# 10 1 1 1 1 1
# 11 1 1 2 1 1
# 12 1 1 1 1 2
# 16 1 1 2 1 1
# 21 1 1 2 1 1
如何重新编码 mids
对象 imp
中的估算 hyp
值(例如,1 变为 5)。
到目前为止,我唯一的想法是将 imp
转换为 long,将感兴趣的变量提取到新数据帧中,重新编码,通过 as.mids
转换新数据帧,然后放回 [=24] =] 通过 cbind.mids()
.
imp_long <- complete(imp, "long", include=T)
hyp <- imp_long[, "hyp"]
hyp2 <- hyp
hyp2[hyp2==1] <- 5
hyp4mids <- data.frame(.imp = rep(0:5, each = nrow(nhanes)),
.id = rep(1:nrow(nhanes), times = 6),
hyp2,
TMP = NA)
hyp4mids <- as.mids(hyp4mids, .imp = 1, .id = 2)
hyp4mids$chainMean <- hyp4mids$chainVar <- array(NA, dim = c(2, 25, 5),
dimnames = list(
c("hyp2", "TMP"),
1:25,
paste0("Chain ", 1:5)))
imp2 <- cbind.mids(imp, hyp4mids)
imp2$imp$hyp2
# 1 2 3 4 5
# 1 5 5 5 5 5
# 4 2 5 5 2 2
# 6 5 5 5 5 5
# 10 5 5 5 5 5
# 11 5 5 2 5 5
# 12 5 5 5 5 2
# 16 5 5 2 5 5
# 21 5 5 2 5 5
有效,但我想我应该可以直接修改 imp
mids 对象中的 hyp
。
看来技巧是修改$data和$imp:
imp <- mice(nhanes, print = FALSE)
l1 <- complete(imp, "long")
table(l1$hyp)
# 1 2
#92 33
imp$data$hyp[imp$data$hyp==1] <- 5
imp$imp$hyp[imp$imp$hyp==1] <- 5
l2 <- complete(imp, "long")
table(l2$hyp)
# 2 5
#33 92