在 ImageJ Javascript 宏中合并 RGB 通道

Question

我正在从三通道 .svs 图像中读取裁剪区域并将裁剪图像保存为 .tiff 图像。目前，图像使用单独的 RGB 通道保存。

我这样裁剪图片：

var path = currentFolder + "images" + File.separator + imageName; 
var options = new ImporterOptions(); 
options.setId(path); 
options.setAutoscale(true); 
options.setCrop(true); 
options.setCropRegion(0, new Region(X, Y, deltaX, deltaY)); 
options.setColorMode(ImporterOptions.COLOR_MODE_COMPOSITE); 
var croppedImage= new ImagePlus();
croppedImage= BF.openImagePlus(options); 

print("cropped image class: " + croppedImage.getClass());

给予

cropped image class: class [Lij.ImagePlus;

然后我保存图片：

IJ.saveAs(cropedImage, "tif", outputFileName);

我最终得到了三个通道图像。

我想合并频道。

我发现了两种可行的方法：

http://javadoc.imagej.net/ImageJ1/ij/plugin/RGBStackMerge.html

http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#flatten--

我尝试了 croppedImage.flatten() 并得到：

javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EvaluatorException: Java class "[Lij.ImagePlus;" has no public instance field or method named "flatten".

我也试过导入 RGBStackMerge class:

importClass(Packages.ij.plugin.RGBStackMerge);

正在做

finalImage = new ImagePlus();
finalImage = RGBStackMerge.mergeChannels(croppedImage, false);
print ("final image class: " + finalImage.getClass() + " length: " + finalImage.length);

但这给出了：

Started svs_to_cropped_tiffs.js at Fri Jan 22 22:58:10 PST 2016 javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EcmaError: TypeError: Cannot call method "getClass" of null

Answer 1

来自BF class javadoc:

static ImagePlus[] openImagePlus(ImporterOptions options)

BF.openImagePlus() returns ImagePlus 个对象的数组（在 getClass() 输出中用 [L 表示). 您应该通过访问返回数组的第一个元素来访问您的图像：croppedImage[0]

那么您建议的两种方法都应该有效：

finalImage = croppedImage[0].flatten();

或

finalImage = RGBStackMerge.mergeChannels(croppedImage[0], false);

您可以在 ImageJ wiki 的 Scripting toolbox 页面上找到 如何使用 Bio-Formats 打开图像的示例。

在 ImageJ Javascript 宏中合并 RGB 通道

Merge RGB channels in ImageJ Javascript macro

java

image-processing

imagej

imagej-macro