了解 R 中的 Biclust class

Question

我是 R 语言的新手，但我正在使用 biclust 包进行双聚类分析。在网络上搜索信息后，我可以运行一些双聚类算法，但我无法访问结果信息。

例如，在运行

之后

> library("biclust") 
> data(BicatYeast)
> x<-discretize(BicatYeast)                                                    
> Xmotif <- biclust(x, method=BCXmotifs(), number=50, alpha=0.5, nd=20, ns=20, sd=5)

变量 Xmotif 是 class Biclust 的一个对象，它包含结果的双簇。但是，当我在控制台中打印变量 Xmotif R 时，只显示有关 5 个第一双用户的简短信息，如下所示：

> Xmotif
An objects of class Biclust

call:
       biclust(x, method=BCXmotifs(), number=50, alpha=0.5, nd=20, ns=20, sd=5)

Number of Clusters found: 50
First  5  Cluster sizes:
                   BC 1 BC 2 BC 3 BC 4 BC 5
Number of Rows:       3    4    3    5    3
Number of Columns:   47   44   41   38   46

那么，如何获取找到的50个双簇的所有信息呢？

Answer 1

解决方法是使用内置函数writeBiclusterResults()。

library("biclust") 
data(BicatYeast)
x<-discretize(BicatYeast)                                                    
Xmotif <- biclust(x, method=BCXmotifs(), number=50, alpha=0.5, nd=20, ns=20, sd=5)  

writeBiclusterResults("results.txt", Xmotif,"CC with delta 1.5", dimnames(BicatYeast)[1][[1]], dimnames(BicatYeast)[2][[1]])

了解 R 中的 Biclust class

Understanding the Biclust class in R

r

cluster-analysis