在 R 中使用 geom_net 时显示不正确

Question

给定一个数据框如下：

v1     v2     v3     v4
Tom     A     Jim     B
Gary    A     Shirly  A
Shirly  B     Jack    B
Tom     A     Jack    B
...

v2和v4分别表示v1和v3中的名字属于哪个组。 Tom 属于 A 组，Jim 属于 v4 组。我想用 geom_net 绘制一个社交网络，如果两个名字在同一行，则用线条链接到它们，例如 Tom 和 Jim。并且边缘的大小应该与它们在 V3 中出现的时间成正比，即 Jack 的边缘应该是 Jim 和 Shirly.[=21= 的两倍大]

我试过了

ggplot(df, aes(from_id = V1,to_id = V3)) +geom_net()

但是给出了一个很糟糕的结果：

并生成警告：

In f(..., self = self) :
There are 35 nodes without node information:
#And the below are all the values in V1 and V3
Tom, Shirly, ....
Did you use all=T in merge?

我想知道如何在没有 x 轴或 y 轴的情况下以正确且美观的方式显示结果，并且应该清楚地显示边缘之间的关系。边缘的颜色应该代表它们所属的组。这意味着同一组中的所有名称都应该具有相同的颜色。

希望得到您的帮助！提前致谢！

Answer 1

我也为此苦苦挣扎，直到我弄清楚 geom_net 包的正确 data.frame 结构是什么。基本上，您需要的是一个包含两部分的 data.frame：在第 1 部分中，您通过提供 FROM 和 TO 列来描述边缘（绘制的线）。或者，可以在单独的列中提供其他信息，例如 linewidth

ans <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Jim 0.1
Gary Shirly 1
Shirly Jack 0.5
Tom Jack 2
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE)

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

但是你会注意到一些节点（顶点）没有被标记。所以这就是 data.frame 的第 2 部分很重要的地方。在第 2 部分中，您提供要标记的节点的名称。这是因为 geom_net 仅标记 FROM 节点而不标记 TO 节点，因此您至少需要提供未用作 FROM 点的节点的名称。

ans <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Jim 0.1
Gary Shirly 1
Shirly Jack 0.5
Tom Jack 2
Helen Jack 3
Jim NA NA
Jack NA NA
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA")

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

上面发生的几件事：1) 我添加了 "Jim NA NA Jack NA NA" 作为未标记节点的标签，2) 还添加了 na.strings = "NA" 以确保 read.table () 正确解释 NA 值，并且 3) 我将线宽参数添加到 aes，以便它从 data.frame 映射到绘图。

此外，一旦您为所有节点提供了名称，警告消息 "There are XX nodes without node information" 就会消失。

希望对您有所帮助编辑：根据要求我添加了结果输出。由于 geom_net() 每次运行时都会更改布局，因此我包含了两个示例图像

为了完成整个 data.frame 构建过程，我在下面包含了一个案例，其中您有两个单独的 data.frame，您需要将它们合并在一起：第一个 data.frame 是对于线（边），第二个是节点（顶点）。

lines <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Ivy 0.1
Gary Ivy 1
Shirly Ivy 0.5
Tom Helen 2
Helen Ivy 3
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA")

nodes <- read.table(text ="
name
Tom
Jim
Gary
Shirly
Jack
Helen
Susan
Joel
Ivy
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE,na.strings = "NA")

df <- merge(lines, nodes, by.x = "from", by.y = "name", all = TRUE)

p <- ggplot(data = df, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

Answer 2

这里是 geomnet 的维护者。如果可能，请 post 以后的问题 github.com/sctyner/geomnet/issues。 @hackR 的想法是正确的，文档中有几个示例。这个想法是：你有一个边缘数据框有一个 from_id 和一个 to_id 列（+附加列），你还有一个顶点数据框有一个 id 列（+附加列）。然后合并它们：

network_data <- merge(edges, vertices, by.x = "from_id", by.y = "to_id", all = T)

不要忘记包含 all = T 参数！

谢谢，山姆。

在 R 中使用 geom_net 时显示不正确

Inproper show when use geom_net in R

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