igraph中按簇折叠图

Question

我想将图表折叠成各自的 communities/clusters。让我用以下玩具示例来说明这一点：

set.seed(123)

#toy graph
g <- barabasi.game(10) %>%
  as.undirected()

#identify communities 
c_g <- fastgreedy.community(g)

共有三个社区，如下图所示。

我想减少顶点的折叠，以便结果图中的顶点对应于先前顶点的成员资格。见图表。

我是 igraph 包的新手，我不熟悉处理 igraph 对象的最佳方式。

Answer 1

你可以试试 contract:

library(igraph)
set.seed(123)
g <- barabasi.game(10) %>% as.undirected()
c_g <- fastgreedy.community(g) 
V(g)$name <- letters[1:vcount(g)]

g2 <- contract(g, membership(c_g), vertex.attr.comb=toString)

par(mfrow=c(1,2))
plot(g, vertex.color=membership(c_g))
plot(simplify(g2), vertex.color=1:vcount(g2))

igraph中按簇折叠图

Collapsing graph by clusters in igraph

r

igraph