根据文件名修改文本文件，对文件夹中的所有文件重复

Question

我有一个包含多个文件的文件夹，名称为：something_1001.txt； something_1002.txt; something_1003.txt;等等文件里面有一些文本。当然每个文件都有不同的文本，但结构总是相同的：一些用字符串“>TEXT”标识的行，这是我感兴趣的。

所以我的目标是：

对于文件夹中的每个文件，读取文件名并提取“_”和“.txt”之间的数字
修改此特定文件中包含字符串“>TEXT”的所有行，使其成为“>{NUMBER}_TEXT”
例如：文件"something_1001.txt"；将所有包含“>TEXT”的行更改为“>1001_TEXT”；转到文件 "something_1002.txt" 将所有包含“>TEXT”的行更改为“>1002_TEXT”；等等

这是我到目前为止编写的代码：

for i in /folder/*.txt
NAME=`echo $i | grep -oP '(?<=something_/).*(?=\.txt)'`
do  
    sed -i -e 's/>TEXT/>${NAME}_TEXT/g' /folder/something_${NAME}.txt
done

我为运行代码创建了一个小的 bash 脚本，但它不起作用。好像有语法错误和循环错误，但我想不通在哪里。

非常欢迎任何帮助！

Answer 1

这里有两个问题。一是你的循环语法错误；另一个是您在 sed 脚本周围使用单引号，这会阻止 shell 插入您的变量。

grep反正是可以避免的； shell 具有很好的 built-in 提取文件基本名称的功能。

for i in /folder/*.txt
do  
    base=${i#/folder/something_}
    sed -i -e "s/>TEXT/>${base%.txt}_TEXT/" "$i"
done

shell 的 ${var#prefix} 和 ${var%suffix} 变量操作工具生成 $var 的值，并修剪了 prefix 和 suffix分别关闭。

顺便说一句，避免大写变量名，因为它们是为系统使用保留的，并注意 double-quote 任何内容可能包含 shell 元字符的变量。

根据文件名修改文本文件，对文件夹中的所有文件重复

Modify text file based on file's name, repeat for all files in folder

bash

text

sed

fasta