将具有 n 级层次索引的 Pandas DataFrame 转换为 n-D Numpy 数组

Transform Pandas DataFrame with n-level hierarchical index into n-D Numpy array

问题

有没有什么好的方法可以将具有n级索引的DataFrame转换为n-D Numpy数组(a.k.a n-张量)?


例子

假设我设置了一个像

这样的DataFrame
from pandas import DataFrame, MultiIndex

index = range(2), range(3)
value = range(2 * 3)
frame = DataFrame(value, columns=['value'],
                  index=MultiIndex.from_product(index)).drop((1, 0))
print frame

输出

     value
0 0      0
  1      1
  2      3
1 1      5
  2      6

该索引是一个二级分层索引。我可以使用

从数据中提取二维 Numpy 数组
print frame.unstack().values

输出

[[  0.   1.   2.]
 [ nan   4.   5.]]

这如何推广到 n 级索引?

unstack(),好像只能用来按摩DataFrame的二维形状,不能加轴

我不能使用例如frame.values.reshape(x, y, z),因为这将要求框架恰好包含 x * y * z 行,这是无法保证的。这就是我试图通过在上面的示例中 drop()ing 一行来演示的内容。

非常感谢任何建议。

编辑。这种方法比我在下面给出的方法更优雅(并且快两个数量级)。

# create an empty array of NaN of the right dimensions
shape = map(len, frame.index.levels)
arr = np.full(shape, np.nan)

# fill it using Numpy's advanced indexing
arr[frame.index.codes] = frame.values.flat
# ...or in Pandas < 0.24.0, use
# arr[frame.index.labels] = frame.values.flat

原解。给定与上述类似的设置,但在 3-D 中,

from pandas import DataFrame, MultiIndex
from itertools import product

index = range(2), range(2), range(2)
value = range(2 * 2 * 2)
frame = DataFrame(value, columns=['value'],
                  index=MultiIndex.from_product(index)).drop((1, 0, 1))
print(frame)

我们有

       value
0 0 0      0
    1      1
  1 0      2
    1      3
1 0 0      4
  1 0      6
    1      7

现在,我们继续使用 reshape() 路线,但进行一些预处理以确保沿每个维度的长度一致。

首先,使用所有维度的完整笛卡尔积重新索引数据框。 NaN 值将根据需要插入。此操作可能既慢又消耗大量内存,具体取决于维数和数据框的大小。

levels = map(tuple, frame.index.levels)
index = list(product(*levels))
frame = frame.reindex(index)
print(frame)

输出

       value
0 0 0      0
    1      1
  1 0      2
    1      3
1 0 0      4
    1    NaN
  1 0      6
    1      7

现在,reshape() 将按预期工作。

shape = map(len, frame.index.levels)
print(frame.values.reshape(shape))

输出

[[[  0.   1.]
  [  2.   3.]]

 [[  4.  nan]
  [  6.   7.]]]

(相当难看)one-liner 是

frame.reindex(list(product(*map(tuple, frame.index.levels)))).values\
     .reshape(map(len, frame.index.levels))

这可以使用 Python xarray 包很好地完成,可以在这里找到:http://xarray.pydata.org/en/stable/。它与 Pandas 有很好的集成,一旦你掌握了它就会非常直观。

如果您有一个多索引系列,您可以调用内置方法 multiindex_series.to_xarray() (https://pandas.pydata.org/docs/reference/api/pandas.DataFrame.to_xarray.html)。这将生成一个 DataArray 对象,它本质上是一个名称索引的 numpy 数组,使用索引值和名称作为坐标。在此之后,您可以在 DataArray 对象上调用 .values 以获取底层的 numpy 数组。

如果你需要你的张量符合特定顺序的一组键,你也可以调用 .reindex(index_name = index_values_in_order) (http://xarray.pydata.org/en/stable/generated/xarray.DataArray.reindex.html)数据数组。这非常有用,可以更轻松地处理新生成的张量!