如何在 GGally::ggpairs 中使用 wrap 函数使用 loess 方法

Question

我正在尝试复制 Coursera R 回归模型课程中给出的这个简单示例：

require(datasets)
data(swiss)
require(GGally)
require(ggplot2)
ggpairs(swiss, lower = list(continuous = "smooth", params = c(method = "loess")))

我希望看到一个 6x6 对图 - 一个带有 loess 平滑器的散点图和瑞士数据中 6 个变量的每个组合的置信区间。

但是，我收到以下错误：

Error in display_param_error() : 'params' is a deprecated argument. Please 'wrap' the function to supply arguments. help("wrap", package = "GGally")

我查看了 ggpairs() 和 wrap() 帮助文件，并尝试了 wrap() 和 wrap_fn_with_param_arg() 函数的许多排列。

我可以让它按预期工作：

ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth")))

但是一旦我添加了黄土部分，它就不会了：

ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth"), method = wrap("loess")))

我在尝试上述行时遇到此错误。

Error in value[3L] : The following ggpair plot functions are readily available: continuous: c('points', 'smooth', 'density', 'cor', 'blank') combo: c('box', 'dot', 'facethist', 'facetdensity', 'denstrip', 'blank') discrete: c('ratio', 'facetbar', 'blank') na: c('na', 'blank')

diag continuous: c('densityDiag', 'barDiag', 'blankDiag') diag discrete: c('barDiag', 'blankDiag') diag na: c('naDiag', 'blankDiag')

You may also provide your own function that follows the api of function(data, mapping, ...){ . . . } and returns a ggplot2 plot object Ex: my_fn <- function(data, mapping, ...){ p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) + geom_point(...) p } ggpairs(data, lower = list(continuous = my_fn))

Function provided: loess

显然我在错误的地方进入了黄土。谁能帮助我了解如何添加黄土部分？

请注意，我的问题与 this one 不同，因为我问的是如何在 ggpairs 中实现黄土，因为 params 参数已被弃用。

非常感谢。

Answer 1

一种快速的方法是编写您自己的函数...下面的函数是根据您问题中 ggpairs 错误消息提供的函数编辑的

library(GGally)
library(ggplot2)    
data(swiss)

# Function to return points and geom_smooth
# allow for the method to be changed
my_fn <- function(data, mapping, method="loess", ...){
      p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) + 
      geom_point() + 
      geom_smooth(method=method, ...)
      p
    }

# Default loess curve    
ggpairs(swiss[1:4], lower = list(continuous = my_fn))

# Use wrap to add further arguments; change method to lm
ggpairs(swiss[1:4], lower = list(continuous = wrap(my_fn, method="lm")))

这或许可以更好地控制传递给每个 geon_

的参数

  my_fn <- function(data, mapping, pts=list(), smt=list(), ...){
              ggplot(data = data, mapping = mapping, ...) + 
                         do.call(geom_point, pts) +
                         do.call(geom_smooth, smt) 
                 }

# Plot 
ggpairs(swiss[1:4], 
        lower = list(continuous = 
                       wrap(my_fn,
                            pts=list(size=2, colour="red"), 
                            smt=list(method="lm", se=F, size=5, colour="blue"))))

Answer 2

也许你正在学习Coursera在线课程回归模型，并尝试将课程给出的Rmarkdown文件转换为html文件，并像我一样遇到这个错误。

我试过的方法是：

require(datasets); data(swiss); require(GGally); require(ggplot2)
g = ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth", method = "lm")))
g

您也可以尝试使用 method="loess"，但结果看起来与讲座中给出的结果有点不同。 method = "lm" 在我看来可能更合适。

Answer 3

我也怀疑你在上 Coursera 的 class。不过，我找不到任何包含 ggplot 示例的 github 回购协议。

以下是我为让它发挥作用所做的工作：

gp = ggpairs(swiss, lower = list(continuous = "smooth"))
gp

如何在 GGally::ggpairs 中使用 wrap 函数使用 loess 方法

How to use loess method in GGally::ggpairs using wrap function

r

ggplot2

loess

ggally