无法永久更改 R 中的 CRAN 存储库 (OS X)

Question

我正在焦急地想弄清楚为什么我无法永久更改 OS X 10.11.3 系统上 R 中使用的 CRAN 存储库。我已经按照网上的说明进行操作，例如 this SO question and this SO question and this webpage，并将其放入我的 .Rprofile 文件中：

# Change the default repository
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "https://cran.cnr.berkeley.edu/" 
       options(repos=r)
})
print(getOption("repos"))

这个片段几乎直接来自 R 自己的 example("Startup") 东西，而且看起来确实应该有效。我把它作为我的 .Rprofile 中的第一件事，而我的 .Rprofile 的其余部分是微不足道的，不会触及这个选项。如果我退出重新启动 R.app，我会在启动的适当位置看到我的 print 语句的输出：

                            CRAN 
"https://cran.cnr.berkeley.edu/"

看起来不错，对吧？不幸的是，如果我然后输入 getOption("repos") 我得到这个：

                              CRAN 
"http://cran.parentingamerica.com"

不幸的是，parentingamerica.com 镜像似乎已经死了，至少今天是这样。有人在我的 .Rprofile 之后设置选项，我不知道是谁。我没有 ~/.RData 文件；启动时没有加载任何工作区。我没有 .Rprofile.site 文件，R 安装中的 Renviron 文件是默认文件，没有提到 "parentingamerica.com" 也没有设置 "repos" 选项。事实上，我已经在我的整个 R.framework 目录中对任何包含 "parentingamerica" 的文件进行了 find/grep 并且空手而归。我的 R_HOME/etc/ 目录中只有 Makecof、Renviron、javaconf、ldpaths 和存储库。我不确定该存储库文件的确切用途，但它不包含 "parentingamerica".

我整个上午都在为这个问题转来转去。知道这个 %^$@* parentingamerica.com 选项是从哪里来的吗？我怎样才能杀死它？？

Answer 1

在写这篇 post 的最后，我突然想到要检查 R.app 的各种设置和偏好。在那里，在 R.app 首选项的启动面板中，"Default CRAN mirror" 设置为 http://cran.parentingamerica.com。啊。谢谢，R.app！没有明显的方法可以关闭它并让它只使用我 .Rprofile 中的一组；但至少我可以在那里更改它并且它有效。发布此信息以帮助走同样道路的其他人。

Answer 2

我将启动面板状态的图像粘贴到您的回答中。然后我在文本上退格并关闭首选项对话框，退出 R，并编辑我的 .Rprofile 文件以包含此行：

options(repos="https://cloud.r-project.org/")

然后我打开了一个 R.app 会话并看到了这个结果：

> getOption('repos')
[1] "https://https://cloud.r-project.org/"

Preferences/Startup 面板显示默认 CRAN 镜像设置为空白。所以在我看来，首选项设置的行为确实允许您将 .Rprofile 用于 select 您的默认存储库，如果这是您选择的策略。（我还检查了包安装程序是否支持此回购设置。）

Answer 3

如果 .Rprofile 没有加载到 Mac OS X 另一件要检查的事情（如果 42 的解决方案不起作用）是检查主目录的路径。许多关于这个问题的帮助文件都提到了

file.path(R.home(), ".Rprofile")

指向/Library/Frameworks/R.framework/Resources/.Rprofile

但是如果你将它指向 /Users/yourname/.Rprofile:

它应该可以工作

file.path(Sys.getenv("HOME"), ".Rprofile")

无法永久更改 R 中的 CRAN 存储库 (OS X)

Can't permanently change the CRAN repository in R (OS X)

macos

user-interface

r

repository