在 Mac 10.11.3 上使用 RPostgreSQL 将 R 连接到 Redshift

Question

[原文Post]

我看到了几个类似的 SO 问题，但我认为它们都与 OS 无关。

长话短说，这是我在尝试与 Redshift 建立 ssl 连接时看到的结果。

library(RPostgreSQL)
drv <- dbDriver("PostgreSQL")
con <- dbConnect(drv,
                 host = "XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com",
                 port = 5439,
                 user = "XXXXXXXX",
                 password = "XXXXXXXX",
                 dbname = "db1")

> Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
    RS-DBI driver: (could not connect XXXXXXXX@XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com on dbname "db1")

我尝试了以下方法，其中 none 有效。

Importing files from PostgreSQL to R
https://groups.google.com/forum/#!topic/rpostgresql-dev/ELnVUJqjDbk

我在 AWS 中有一个 EC2 节点 (Ubuntu)，在办公室中有另一个 Mac Pro，因此我尝试使用相同的代码从两者进行连接。

Linux 系统使用复制和粘贴完全相同的代码。这是 Linux 服务器上的 Sys.info()：

sysname                                              Linux
release                                  3.13.0-48-generic
version        #80-Ubuntu SMP Thu Mar 12 11:16:15 UTC 2015
nodename                                   ip-xx-xxx-xx-xx
machine                                             x86_64
login                                              unknown
user                                                  bcui
effective_user                                        bcui

然而，Mac Pro 失败并显示完全相同的错误消息。这是 Mac Sys.info()（与我的 Mac 笔记本电脑相同）：

sysname                                             Darwin
release                                             15.3.0
version                      Darwin Kernel Version 15.3.0:
                             Thu Dec 10 18:40:58 PST 2015;
                       root:xnu-3248.30.4~1/RELEASE_X86_64
nodename                                    bcui-MBP.local
machine                                             x86_64
login                                                 bcui
user                                                  bcui
effective_user                                        bcui

我想知道导致此错误消息的 Mac 和 Linux 配置有何不同？

[更新 2016/02/10]

我已经尝试卸载 R 和所有相关文件，然后从自制软件重新安装 R：

brew tap homebrew/science
brew install R

同样的错误信息：

> Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
    RS-DBI driver: (could not connect XXXXXXXX@XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com on dbname "db1")

仅供参考，我可以使用相同的代码连接到其他非 ssl Redshift 集群，因此它可能与 Mac.

上的 openssl 有关

[更新 2016/02/11]

更多信息来自@MasashiMiyazaki 的评论：

我已经通过 CLI 使用 psql 进行连接并且工作正常。另外，我也可以使用Python模块psycopg2连接成功。但是，我必须禁用来自 .bash_profile 的这一行才能使它们工作：

export DYLD_LIBRARY_PATH=/usr/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH

Answer 1

这里在黑暗中拍摄。你试过了吗RPostgres？

像这样安装

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("RcppCore/Rcpp")
devtools::install_github("rstats-db/DBI")
devtools::install_github("rstats-db/RPostgres")

然后测试一下

library(DBI)
library(RPostgres)

con <- dbConnect(RPostgres::Postgres(),
           host = "XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com",
           port = 5439,
           user = "XXXXXXXX",
           password = "XXXXXXXX",
           dbname = "db1")

在 Mac 10.11.3 上使用 RPostgreSQL 将 R 连接到 Redshift

Connect R to Redshift with RPostgreSQL on Mac 10.11.3

r

ssl

amazon-redshift

rpostgresql