报告 cor() 输出的唯一组合

Question

我想报告（融化的）相关矩阵中的所有唯一值。

如果我这样做：

melt(cor(x,method="pearson",use="complete.obs"))

我会得到：

VarA    VarA   1
VarA    VarB   0.001
VarA    VarC   -0.002
VarB    VarB   1
VarB    VarA   0.001
VarB    VarC   0.003
VarC    VarC   1
VarC    VarA   -0.002
VarC    VarB   0.003

然而，有些行实际上报告的是同一件事，即 VarA VarB = VarB VarA，所以我真正想要的是：

VarA    VarA   1
VarA    VarB   0.001
VarA    VarC   -0.002
VarB    VarB   1
VarB    VarC   0.003
VarC    VarC   1

甚至更好的奖励是删除与自身相关的变量，这样我只会得到：

VarA    VarB   0.001
VarA    VarC   -0.002
VarB    VarC   0.003

Answer 1

你可以在矩阵上工作，这样更容易：

res <- cor(iris[,-5])
res[lower.tri(res)] <- NA #assuming there are no actual NAs already
                          # which seems likely with complete.obs
#use lower.tri(res, diag = TRUE) to remove the diagonal too
na.omit(reshape2::melt(res))

#           Var1         Var2      value
#1  Sepal.Length Sepal.Length  1.0000000
#5  Sepal.Length  Sepal.Width -0.1175698
#6   Sepal.Width  Sepal.Width  1.0000000
#9  Sepal.Length Petal.Length  0.8717538
#10  Sepal.Width Petal.Length -0.4284401
#11 Petal.Length Petal.Length  1.0000000
#13 Sepal.Length  Petal.Width  0.8179411
#14  Sepal.Width  Petal.Width -0.3661259
#15 Petal.Length  Petal.Width  0.9628654
#16  Petal.Width  Petal.Width  1.0000000

Answer 2

您可以采用两步法：

#starting from:
x <- melt(cor(x,method="pearson",use="complete.obs"))
#subset first the variable 3 when it is equal to 1
x <- subset(x, V3 != 1)
#remove duplicate entries in that same variable
x[duplicated(x$V3),]
V1   V2     V3
5 VarB VarA  0.001
8 VarC VarA -0.002
9 VarC VarB  0.003

报告 cor() 输出的唯一组合

report unique combinations of cor() output

r

matrix

pearson

correlation