Rqc package error: "GhostScript was not found"

Question

我正在关注 Rqc package documentation 所以我输入了以下内容 :

library(Rqc)
folder <- system.file(package = "ShortRead", "extdata/E-MTAB-1147")
rqc(path = folder, pattern = ".fastq.gz")

但我收到以下错误：

Error in bitmap(file = filename, width = width, height = height, res = 300) : GhostScript was not found

Answer 1

我运行正在使用最新版本的 RStudio (0.99.491)。首先，确保您已经下载了 GhostScript (here)。然后，转到安装它的目录，找到可执行文件的路径。然后，这样做：

Sys.setenv(R_GSCMD="C:/Program Files/gs/gs9.18/bin/gswin64c.exe")

路径指的是我的具体.exe，所以你的可能不同。基本上，抛出错误的函数正在寻找 R_GSCMD 以为其提供运行 GhostScript 的路径。它没有找到一个，所以它抛出了一个错误。通过将 R_GSCMD 设置为路径，它现在知道要查找的位置。

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